天河超算bscc-a超算中心配置PTA程序

登录准备
- 登录并行云服务
- 登录bscc-a超算中心
- 一些常用命令
集群配置
- 用户设置
- 安装程序
- - htop
  - z.lua
  - 创建PTA环境
conda 换清华源
- Tempo2
- acor
- libstempo
- enterprise
- enterprise_extensions
- enterprise_warp
- other

登录准备

登录并行云服务

先执行如下命令（注意替换your_email@address为自己的帐号/邮箱）

papp_cloud login -u your_email@address -p

例如：

papp_cloud login -u chenzucheng@itp.ac.cn -p
papp_cloud login -u huangqg@itp.ac.cn -p

然后输入帐号密码即可

登录bscc-a超算中心

使用ssh登录超算

papp_cloud ssh account@bscc-a

例如：

papp_cloud ssh pg2236@bscc-a
papp_cloud ssh sca0052@bscc-a5

使用sftp传输文件

papp_cloud sftp account@bscc-a

例如：

papp_cloud sftp pg2236@bscc-a

注意将account换成bscc-a上的用户帐号

一些常用命令

查看账户可以同时提交任务的数目以及可以同时使用的节点数目

sacctmgr show assoc

查看以供有多少任务在运行

squeue -h -t pending,running -r | wc -l

查看存储空间使用情况

lfs quota -uh pg2236 ~

保存git的验证信息

git config credential.helper store

集群配置

用户设置

设置代理ip以连接外网。在~/.bashrc文件加入：

export http_proxy=http://172.16.21.209:8888
export https_proxy=http://172.16.21.209:8888
export ftp_proxy=http://172.16.21.209:8888

bscc-a5换成

export ftp_proxy=http://172.16.58.14:8888
export http_proxy=http://172.16.58.14:8888
export https_proxy=http://172.16.58.14:8888

在~/.bashrc中加入：

alias ll='ls -lah'
alias l='ls -lah'
alias rm="rm -rf"
alias wget="wget -c"
alias PTA="conda activate PTA"
alias PTAPolar="conda activate PTAPolar"
alias cp="cp -r"
alias tail="tail -f"
alias ln="ln -s"
alias squeue="squeue --format='%.8i %.9P %30j %10u %.8T %.12M %9N'"# add tempo2 path
export TEMPO2=$HOME/opt/tempo2/share
export PATH=$PATH:$HOME/opt/tempo2/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$HOME/opt/tempo2/lib:$HOME/opt/miniconda3/lib
export CPATH=$CPATH:$HOME/opt/tempo2/include
export PATH=$HOME/bin:$PATH

安装程序

htop

wget https://bintray.com/htop/source/download_file?file_path=htop-3.0.2.tar.gz
tar xvf htop-3.0.2.tar.gz
./configure --prefix=$HOME/opt/htop && make -j && make install
ln ~/opt/htop/bin/htop ~/bin/htop

z.lua

cd ~/opt
git clone https://gitee.com/bingining/z.lua.git
#git clone https://github.com/skywind3000/z.lua.git

在~/.bashrc文件加入：

# add z.lua
eval "$(/usr/bin/lua $HOME/opt/z.lua/z.lua --init bash enhanced once fzf)"
export _ZL_ECHO=1

创建PTA环境

conda 换清华源

参考 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
conda update conda
conda create -n PTA python=3
conda activate PTA
# conda install matplotlib astropy Cython ephem jupyter
conda install matplotlib astropy Cython ephem
# python -m ipykernel install --user --name PTA --display-name "PTA"
conda install -c conda-forge scikit-sparse healpy ptmcmcsampler
# conda install -c conda-forge scikit-sparse pint-pulsar healpy
conda install -c anaconda mpi4py
conda install -c astropy corner

Tempo2

git clone https://bitbucket.org/psrsoft/tempo2.git
mkdir $TEMPO2 -p
cp T2runtime/* $TEMPO2 -r
./bootstrap
./configure --prefix=$HOME/opt/tempo2
#sudo pacman -S gcc-fortran
make -j && make install -j
make plugins -j && make plugins-install -j

在执行./bootstrap后需要改configure文件，加入27546行的内容

27544 $as_echo_n "checking for Fortran libraries of $FC... " >&6; }
27545 printf ${ac_cv_fc_libs+:}
27546 ac_cv_fc_libs="-L//lib -L/usr/local/lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.8.5 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.8.5/../../../../lib64 -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/../lib64 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.8.5/../../.. -ldl -lgfortran -lm -lgomp -lquadmath -lpthread"

acor

git clone https://github.com/dfm/acor.git
cd acor
python setup.py install

libstempo

pip install libstempo

enterprise

git clone git@github.com:bunnyandbear/enterprise.git
cd enterprise
python setup.py install

enterprise_extensions

git clone https://github.com/bingining/enterprise_extensions.git
cd enterprise_extensions/
python setup.py install

enterprise_warp

git clone git@gitee.com:bingining/enterprise_warp.git
cd enterprise_warp
python setup.py install

other

pip install bilby
pip install chainconsumer

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