华为云的ubuntu系统安装 velocyto.r实战
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1.首先打开Ubuntu系统
2.按照下面的链接安装r apt-get r-base
http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu/
3.安装系统自带的库文件,比如boost-dev openmp 等library。按照以下链接
https://editor.csdn.net/md/?articleId=124827023
https://blog.csdn.net/qq_52813185/article/details/124827023?csdn_share_tail=%7B%22type%22%3A%22blog%22%2C%22rType%22%3A%22article%22%2C%22rId%22%3A%22124827023%22%2C%22source%22%3A%22qq_52813185%22%7D
4.sudo R 进入R 安装以下基础的包
安装devtools之前,先在系统中安装如下包
5.最后安装
install_github("velocyto-team/velocyto.R")
。。
,
。
1.首先打开Ubuntu系统
我的配置如下
2vCPUs | 16GiB | m3.large.8
Ubuntu 20.04 ser
2.按照下面的链接安装r
http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu/
# update indices
apt update -qq
# install two helper packages we need
apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
# add the signing key (by Michael Rutter) for these repos
# To verify key, run gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
# Fingerprint: E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
# add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed
add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"apt install --no-install-recommends r-base
add-apt-repository ppa:c2d4u.team/c2d4u4.0+
3.安装系统自带的库文件,按照以下链接
https://editor.csdn.net/md/?articleId=124827023
https://blog.csdn.net/weixin_39985842/article/details/110490809#:~:text=Ubuntu%20%E5%AE%89%E8%A3%85%20devtools%20%E5%8C%85%20jiabiao1602%E7%9A%84%E4%B8%93%E6%A0%8F%203322%201%E3%80%81%E4%BF%9D%E8%AF%81R%E7%89%88%E6%9C%AC%E6%AF%94%E8%BE%83%E6%96%B0%EF%BC%9B%202%E3%80%81,apt-get%20install%20libcurl4-%20openssl%20-dev%20sudo%20apt-get%20ins
https://blog.csdn.net/qq_41854911/article/details/119454212
安装系统自带的库文件
sudo apt-get install libomp-dev
sudo apt-get install libboost-dev
sudo apt-get update
sudo apt-get install libboost-all-dev
4.sudo R 进入R 安装以下基础的包
安装devtools之前,先在系统中安装如下包
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get install libxml2-devsudo apt-get install openjdk-8-*update-alternatives --config javasudo apt-get install aptitudesudo aptitude install libgdal-devsudo aptitude install libproj-devsudo apt-get install build-essential libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-devsudo apt-get install curlsudo apt-get build-dep r-cran-rglsudo apt-get install r-cran-plyr r-cran-xml r-cran-reshape r-cran-reshape2 r-cran-rmysqlsudo apt-get install r-cran-rjavasudo apt-get install r-cran-glmnetsudo apt-get build-dep r-cran-bootsudo apt-get build-dep r-cran-classsudo apt-get build-dep r-cran-clustersudo apt-get build-dep r-cran-codetoolssudo apt-get build-dep r-cran-foreignsudo apt-get build-dep r-cran-kernsmoothsudo apt-get build-dep r-cran-latticesudo apt-get build-dep r-cran-masssudo apt-get build-dep r-cran-matrixsudo apt-get build-dep r-cran-mgcvsudo apt-get build-dep r-cran-nlmesudo apt-get build-dep r-cran-nnetsudo apt-get build-dep r-cran-rpartsudo apt-get build-dep r-cran-spatialsudo apt-get build-dep r-cran-survivalsudo apt-get build-dep r-cran-rodbcsudo apt-get build-dep
然后,在RStudio中,输入
install.packages("RCurl")install.packages("xml")install.packages("rJava")install.packages("rgdal")install.packages("xlsx")install.packages("devtools")
5.然后安装
install_github("velocyto-team/velocyto.R")
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