Biopython | 计算蛋白质的接触图(contact map)
contact map
蛋白质接触图使用二元二维矩阵表示三维蛋白质结构的所有可能的氨基酸残基对之间的距离。
计算contact map
导入库
import pandas as pd
import numpy as np
from Bio import SeqIO
import matplotlib.pyplot as plt
import requests
from sklearn.metrics import pairwise_distances
%matplotlib inline
定义坐标提取函数
def get_ca_coords(pdb='1LUC', chain='A'):url = f'https://files.rcsb.org/download/{pdb}.pdb'r = requests.get(url)r.raise_for_status()lines = r.text.splitlines()out = []for line
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