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引言

您有没有这样的经历，拿到转录组报告后，各种数据应有尽有，但是如何从庞杂的数据中，挑选出关键目的基因进行验证和下游分析，往往有种无从下手的感觉。

它来了！！！欧易重磅推出关键基因筛选报告，对表达到功能选取重要指标进行打分，同时根据生物学意义赋值及权重设置，锚定关键基因，将结果可视化呈现，一应俱全。您只需根据“一张表”，对其中各项内容进行组合筛选，便能获得您想要的关键基因。

一张表

下面展示的，就是涵盖各类关键指标及其赋值并最终汇总的“一张表”：

“一张表”关键基因打分部分(Top20)

“一张表”关键基因表达及差异部分

“一张表”关键基因注释部分

欧易关键基因打分机制

结合“一张表”，我们来梳理一下欧易关键基因打分机制，具体如下：

1) 依据研究目的及生物学相关性，选取参与打分的表达及功能指标。

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在示例中，我们选取Diff (基因在差异分组比较中出现的频次)、Keywords(客户提供关键词的匹配结果)、TFs(转录因子注释及其调控靶基因)、PPI(蛋白互作)、Dapars(可变多聚腺苷酸化)、TCC(多组差异分析)以及Diff_AS(基因在差异可变剪切中出现的频次)作为后续打分指标。客户可以结合项目生物学背景、先验知识、表达及功能预期等因素，选取和调整打分指标。

2) 根据每个指标的生物学意义，进行指标赋值。

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根据指标的生物学和统计学意义，对各指标进行赋值，原始值可以是差异基因出现的频次，互作蛋白或者基因的数量，转录因子靶基因的数量。依据呈现的最大值或者理论最大值，将各个指标的赋值范围设定在0-1以内。值越接近1，则代表该基因的该指标功能(统计上)越显著。如有疑问，可电联。

3) 设置各指标权重，进行综合打分。

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欧易打分机制对各个指标进行默认权重设置。当然，客户也可以结合项目生物学背景及预期，根据各个指标的重要性，进行指标权重设置。关于指标权重设置和打分算法细节，也欢迎老师们电联沟通。需要说明的是，欧易打分算法，并非是对各指标的简单累加，而是依据研究背景和生物学及统计意义，通过合理的赋值和权重设置，科学的打分机制，呈现各个基因在差异、功能和统计上的显著性，便于客户挑选关键基因。细则在此继续卖个关子。

4) 根据综合打分排序。

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挑选topN基因，进行关键结果展示，包括但不限于聚类热图，表达变化趋势点线图、PCA图及蛋白互作网络图。基于展示结果，挖掘表达及功能规律。

结果呈现示例如下：

图1 top50基因在各样本间表达变化点线图

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图2 所有基因PCA图

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图3 top50基因PCA图

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在理想状态下，top 50基因能极大程度上代表样本间(组间)的差别，而使得top 50的PCA与所有基因的PCA(图2)比较接近。

图4 top50基因表达聚类热图

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图5 top50基因GO富集柱状图

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图6 top50基因KEGG富集气泡图

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图7 top50基因结合转录因子信息的蛋白互作网络图

说明：以上结果仅为示例，实际分析过程中会有调整,最终以报告为准。

根据实际分析案例来看，关键基因筛选得到的top 50 基因PCA图(图3)与所有基因总体PCA图(图2)十分接近，说明top 50基因比较好地表征了组与组之间的差别，而且没有造成生物学重复之间的偏离。从基因表达变化水平看(图1和图4)，top 50基因呈现出显著的变化规律，在某组样本中出现了明显的表达升高或降低。从top 50基因功能富集上看(图4-图6)，top 50 富集到的功能条目和通路与研究背景和目的相关性和统一性比较高。

关键基因总表(一张表)包含关键基因打分，基因在所有差异比较分组中的差异倍数、p值、上下调信息，以及所有样本的表达fpkm值和功能注释信息。根据此表，可综合各个指标进行定量验证和下游功能分析基因筛选。建议选取关键基因打分高，差异倍数高，p值显著，样本fpkm表达高且有功能注释的基因进行验证和进一步分析。

理论上，关键基因筛选可以不依赖于关键词(比如通路关键词“MAPK”,基因名“IL6”，功能描述关键词“Fatty acid”等)而得到，我们建议如果老师有较为关注的通路或者疾病相关关键词，请务必提供精准和全面的英文关键词。

结语

还在等什么,快来试一试吧！

最后送上一首打油诗，以飨读者。

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客户总把关键找，欧易为您除烦恼。

选指赋值设权重，科学合理可微调。

差异注释都不少，挑选只需一张表。

热图点线网络图，一套流程就能搞。

有理有据有报告，关键词语要选好。

看过读过别错过，试试才知其中妙。

实验真实把关牢，数据客观又可靠。

组学分析看欧易，内容全面更周到。

END 

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麻辣双椒 撰文 本文系欧易生物原创 欢迎转发到朋友圈 转载请注明本文转自欧易生物 

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