本来以为有bai文件就说明是流程运行是完整的，事实上我还是太年轻，最近处理一个 600个病人的肿瘤WES数据，走流程过程发现卡在CNVKIT，部分样本出现了:

File "pysam/libcalignmentfile.pyx", line 729, in pysam.libcalignmentfile.AlignmentFile.__cinit__

File "pysam/libcalignmentfile.pyx", line 930, in pysam.libcalignmentfile.AlignmentFile._open

File "pysam/libchtslib.pyx", line 364, in pysam.libchtslib.HTSFile.check_truncation

IOError: no BGZF EOF marker; file may be truncated

很明显，是bam文件有问题!

为什么bam文件报错

因为这 600个病人的肿瘤WES数据我是批量运行的，日志也是一大堆，没有心情去检查到底是哪个步骤出错。(主要是最近服务器抽风，一半的节点成为了僵尸)

就先调出错误的样本，重新跑一次流程。简单的脚本检查，发现我输出的bam文件都是有bai文件的，如下：

ls *bam|while read id;do (ls -lh ${id/bam/bai});done

也就是说，一个不完整的bam文件，软件仍然是可以为它构建bai索引文件的！

而且诡异的是

samtools view T_recal.bam|head # 没有问题

samtools view T_recal.bam|tail # 报错

# [W::bam_hdr_read] EOF marker is absent. The input is probably truncated.

报错如下：

[W::bam_hdr_read] EOF marker is absent. The input is probably truncated.

[E::bgzf_read] bgzf_read_block error -1 after 31 of 32 bytes

[main_samview] truncated file.

而且两个统计命令，虽然都报错，其中有的有结果，有的没有结果。

samtools flagstat $sample.bam > ${sample}.alignment.flagstat & ## 能统计

samtools stats  $sample.bam > ${sample}.alignment.stat &  ## 空着

结果如下：

-rw-rw-r-- 1 jianmingzeng jianmingzeng    0 Dec 28 17:44 K1_recal.alignment.stat

-rw-rw-r-- 1 jianmingzeng jianmingzeng    0 Dec 28 17:58 K2_recal.alignment.stat

-rw-rw-r-- 1 jianmingzeng jianmingzeng    0 Dec 28 19:55 S1_recal.alignment.stat

-rw-rw-r-- 1 jianmingzeng jianmingzeng    0 Dec 28 19:53 S2_recal.alignment.stat

挑选出错误的bam文件

既然上面是tail报错，就批量写脚本

ls *bam|while read id;do (echo $id; samtools view $id|tail -1);done

但是肿瘤WGS样本通常是测序量不小，这个运行速度令人发指，最后还是成功发现了那些报错样本

K1_recal.bam

[W::bam_hdr_read] EOF marker is absent. The input is probably truncated.

--

K2.bam

[W::bam_hdr_read] EOF marker is absent. The input is probably truncated.

--

S1.bam

[W::bam_hdr_read] EOF marker is absent. The input is probably truncated.

--

S2.bam

[W::bam_hdr_read] EOF marker is absent. The input is probably truncated.

因为一直以来都是串shell脚本来跑流程，所以遇到了这个问题，不知道大家使用其它流程语言是不是就方便很多呢？

欢迎大家讨论!