基于MS的氢键分析脚本介绍

分子间氢键显著影响着聚合物链之间的相互作用。根据自由体积理论，分子间氢键的存在提高了聚合物分子链之间的引力，使得自由体积降低且聚合物达到临界自由体积分数所需要的能量升高。此外，分子链间的引力升高也导致分子链滞后损失增大，阻尼值也随之升高。因此在研究过程中，我们时常需要对氢键数目进行统计分析。

为了获得氢键的相关信息，我们首先要对结构进行动力学计算,MD模拟的求解过程通常包括以下四个步骤[81]: (1)选取合适的模型(包括力场的确定､系综的选取和边界条件的确定);(2)设定初始条件;(3)动力学演化(通过一系列动力学平衡过程使系统趋于稳定的平衡态)和统计计算物理量(包括原子平均动能和速度相关函数等)｡力场是包含系统所有粒子间相互作用势的函数,是MD模拟结果可靠与否的首要因素｡适合聚合物体系的力场包括PCFF､CVFF､DREIDING、COMPASS｡为了确保模拟体系各原子所受合力一致和密度的均一稳定分布，引入统计热力学中的系综概念，在实际工作中经常遇到的则是正则(NVT)或者等温等压(NPT)系综｡通过引入热浴(Brendsen､Anderson和Nose-Hoover等)实现对动力学模拟过程中温度的控制，从而使体系能够在NVT或NPT系综下实现MD模拟。

在动力学计算结束之后，我们就可以对氢键的相关性质进行分析。如最后一帧氢键数目，每一个氢键的长度，氢键角度等。

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