基因表达量FPKM计算之后，可以根据其值分组。
  输入格式：

Geneid  UN003324    UN004629    UN011750    UN013498    UN016818    UN018363    UN018537    UN019619    UN019632    UN026711    UN054416    UN056756    UN058273
root_Z10_mean   0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
root_Z13_mean   0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
root_Z39_mean   0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
stem_Z30_mean   0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
stem_Z32_mean   0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
stem_Z65_mean   0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
leaf_Z10_mean   0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
leaf_Z23_mean   0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
leaf_Z71_mean   0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
spike_Z32_mean  0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
spike_Z39_mean  0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
spike_Z65_mean  0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
new_carpel  0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
new_stamen  0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
latet_lepto_mean    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
diplo_dia_mean  0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
zygo_pachy_mean 0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
metaphaseI_mean 0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
grain_Z71_mean  0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
grain_Z75_mean  0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
grain_Z85_mean  0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00  

  python代码：

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-with open('rna_seq.txt', 'r') as f:print 'Tissue''\t''no''\t''low''\t''medium''\t''high'for line in f:if 'Geneid' not in line:line = line.strip().split()no = []low = []medium = []high = []for i in line[1:]:if float(i) < 0.02:no.append(i)if 0.02 <= float(i) < 20:low.append(i)if 20 <= float(i) < 50:medium.append(i)if float(i) >= 50:high.append(i)print '%s\t%d\t%d\t%d\t%d' % (line[0], len(no), len(low), len(medium), len(high))

根据FPKM将基因分组相关推荐

1. 单基因gsea_这篇3+分核心基因筛选，点个在看，我们复现这篇文章！

   今天和大家分享的是2019年11月发表在Frontiers in Genetics(IF:3.517)上的一篇文章,"Identifying Key Genes and Functional ...

2. 基因功能分析——哈佛大学

   文章目录 描述 学习目标 一.安装 数据集 读取数据文件 加载R包 二.基因组注释 数据库 通用数据库 注释用数据库 基因组构建 访问数据库的工具 AnnotationHub AnnotationDb ...

3. 基因共表达网络分析java,基因共表达网络分析-WGCNA

   今天推荐给大家一个R包WGCNA,针对我们的表达谱数据进行分析. 简单介绍:WGCNA首先假定基因网络服从无尺度分布,并定义基因共表达相关矩阵.基因网络形成的邻接函数,然后计算不同节点的相异系数,并据 ...

4. c++ 合并2个txt_多个表达矩阵文件合并

   前些天群主给了我们学徒一个任务,下载数据集:GSE84073 做一些批量分析! 群主想看到,HCC,CHC,CC这3组,跟healthy的分开比较,然后3个火山图,3个热图. 那么首先需要下载coun ...

5. R语言如何绘制PCoA主坐标分析（30）

   1.什么是PCoA? ​ 人眼一般能感知的空间为二维和三维.高维数据可视化的重要目标就是将高维数据呈现于二维或三维空间中.高维数据变换就是使用降维度的方法,使用线性或非线性变换把高维数据投影到低维空间 ...

6. 易基因｜病毒抗性：全基因组DNA甲基化揭示草鱼年龄相关病毒易感性的表观遗传机制

   大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因. 2022年06月02日,淡水生态与生物技术国家重点实验室(中国科学院水生生物研究所)何利波副研究员为第一作者和通讯作者,汪亚平研究员为共 ...

7. R语言如何绘制PCA图（四）

   1.什么是PCA? 人眼一般能感知的空间为二维和三维.高维数据可视化的重要目标就是将高维数据呈现于二维或三维空间中.高维数据变换就是使用降维度的方法,使用线性或非线性变换把高维数据投影到低维空间,去掉 ...

8. 芯片无忧的使用教程_HTA芯片（学徒探索任务）

   年前我们布置过一个 agilent芯片的探索任务,很可惜,没有人接单,也许是得等我某一天遇到了,或者时间充裕了会去解决它吧!现在再来一个疑难杂症吧,就是生不逢时的Affymetrix Human Tr ...

9. 吴恩达机器学习系列课程笔记

   视频资源获取:https://www.bilibili.com/video/BV164411b7dx?p=1 有监督学习:给算法包含正确答案的数据集,算法的任务就是根据数据集给出更多的正确答案. 回归 ...

最新文章

1. Struts的ONGL
2. 第一讲 ODE几何方法
3. 我的产品需求说明文档模板（PRD）
4. C++异常处理的实现
5. Tomcat总体架构
6. 排位重要还是媳妇儿重要？
7. java多用户商城b2b2c源码
8. MySQL学习(二)
9. 微信小程序 访问locolhost_微信小程序开发——本地调试
10. “弹出DVD驱动器错误”解决方法
11. 吃鸡降落伞降落,射线检测,触发销毁降落伞等
12. 【数据结构进阶】二叉平衡树
13. 配置聚合连接 和 配置firewalld防火墙
14. 《金融科技（FinTech）发展规划（2019-2021年）》梳理
15. WTG：给苹果电脑安装Windows
16. windows批处理脚本bat命令解析【7】EXIT /B 0
17. Vuforia AR开发详细教程
18. 游戏盾的原理和功能是什么？
19. 中关村创业大街是贵重金属垃圾场，我捡到一只产品经理
20. SpringMVC核心知识的梳理(现在都用SpringBoot了，但是SpringMVC还的学的扎实点,饮水思源)

热门文章

1. CentOS7安装Docker教程(图文)
2. kicad如何画机械孔
3. 【Java】哔哩哔哩编程题练习
4. [附源码]计算机毕业设计Python基于Web的绿色环保网站(程序+源码+LW文档)
5. java oozie任务状态_Oozie工作流分析
6. ubuntu 修改 ulimit
7. 学习笔记26-- 在solidwork里面绘制世界环境,制作成gazebo的.world世界文件基本方法
8. 分形（递归坐标变换）
9. 再谈协程之suspend到底挂起了啥
10. 辽宁丰睿佳业科技有限公司：抖音小店精选联盟免费入驻流程?