重测序变异检测与注释

一. 下机数据质控

质量控制, -t是使用两个线程
fastqc XXX.fq.gz -o ./ -t 2
过滤工具一： SOAPnuke
SOAPnuke filter -1 AAA.fq.gz -2 BBB.fq.gz -C CCC.fq.gz -D DDD.fq.gz -f 接头序列 -o 目录 -I （质量阈值）12 -q 0.1 -n 0.01 -Q 2 -G 2 -5 0 -T 4 -M1
-q 低质量碱基占10%即认为该reads为低质量reads
-Q 质量平台 -G 输出质量平台
-T 4个线程 -5 0表示老数据，以2结尾的数据 -5 1表示新数据
提取基因组特定位置序列 samtools faidx reference.fa chr1:106132-10494> xx.fa

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