linux c 编译器 macs,【MACS】MACS(Model-based Analysis of ChIP-Seq)使用说明

-t TFILE, –treatment=TFILE 输入文件名

-c CFILE, –control=CFILE 输入阴对文件名

-n NAME, –name=NAME 输入出文件名前缀

-f FORMAT, –format=FORMAT

输入文件格式，默认值为AUTO，可选的值为”BEG”,”ELAND”,”ELANDMULTI”,”ELANDMULTIPER”,”ELANDEXPORT”,”SAM”,”BAM”,”BOWTIE”等。

-g GSIZE, –gsize=GSIZE 比对模板大小。格式可以是：1.0e+9，或者1000000000，也可以缩写：’hs’

for 人类 (2.7e9), ‘mm’ for 大鼠(1.87e9), ‘ce’ for 线虫 (9e7) and ‘dm’ for

果蝇 (1.2e8), 默认值:hs

-s TSIZE, –tsize=TSIZE 设置为短序列的长度，默认值为25

-p PVALE, –pvalue=PVALUE

非峰可能性截取值，默认值为1e-5，这个值不能大太，超过0.9的话，可能无法输出正确的结果

-m MFOLD, –mfold=MFOLD

峰值高度相对于本底的比值，默认值为10,30。也就是说，最低值不能少于10，但比值超过30也不认为它是正常的一个峰。一般而言，低值设置为10是一个很好的区分点。如果这个值还是无法得到满意的结果，那么可以设置得更低，但最好还是使用–nomodel参数，使–nomodel设置为True，然后再传递–shiftsize及–bw参数给

–diag 生成完整报表，会包括是否为真峰的可能性，但会严重拖累运算速度。

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