miRNA数据库篇——mirBase（序列数据库）

2024-06-11 03:56:08

miRNA数据库篇——mirBase（序列数据库）

miRbase 是由曼彻斯特大学的研究人员开发的一个在线的miRNA数据库（序列数据库），该数据库中收录了来自200多个物种，接近4万个miRNA的信息，是最全面的miRNA数据库，网址如下

http://www.mirbase.org/index.shtml

主页面：

①：导航栏

Home：首页

Search：课通过多种方式检索miRNA

Browse：可通过物种检索miRNA

Help：帮助信息

Download：下载页面

Blog：miRBase日志

Submit：注册新得miRNA

②：检索栏

③：miRBase数据更新日志

④：miRNA数据库版本号以及目前收录得miRNA条目数量

⑤：miRNA检索栏：可通过miRNA名字或者关键字检索miRNA（与②基本一样）

⑥：下载链接

⑦：miRBase数据库简介

⑧：参考文献（miRBase结果用于发表时需要引用相关文献）

有关miRNA信息检索可以查看这一篇文章：

miRBase数据库使用教程

我们可以方便的检索和浏览该数据库中的信息，以human为例，在Browse菜单中，可以检索到hman的所有miRNA前体，示意如下

ID代表miRNA前体的名字, Accesion代表miRNA 前体的编号;RPM为Reads perl million mapped的缩写，代表miRNA前体的表达量;Chromosome, start,end,strand表示miRNA前体所在的染色体位置信息，Confidence`表示可信度。

以hsa-let-7a-1为例, 点击该链接可以查看详细信息，在详情页面，可以得到这个miRNA前体对应的基因，序列，茎环结构等信息

还可以看到这个miRNA前体产生的的两条成熟的miRNA序列和对应的靶标数据库，示意如下

miRNA靶标注释可以分成以下两大类

1. validated targets

实验验证的靶标结果，对应的数据库如下

MIRTARBASE
TARBASE

2. predicted targets

软件预测的结果, 对应的数据库如下

DIANA-MICROT
MICRORNA.ORG
MIRDB
RNA22-HSA
TARGETMINER

该数据库是免费下载的，ftp地址如下

ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/

下载的整体数据集示例：

可根据自己想要的进行筛选，筛选办法：

python 选取列表中某列所含特定字符所在的所有行

python3怎么筛选excel中特定的行（行中的值满足某个条件/行中的值属于某个集合）

参考来源：

作者：生信修炼手册
链接：https://www.jianshu.com/p/b057f152759f
来源：简书

作者：MedBioInfoCloud（MedBioInfoCloud）

链接：https://cloud.tencent.com/developer/article/1481947

来源：微信公众号

miRNA数据库篇——mirBase（序列数据库）相关推荐

Java数据库篇_05 Oracle数据库
Oracle DB Oracle部署相关 Oracle数据库的安装安装数据库连接工具Navicat 解决Oracle内存占用太大 Oracle数据库相关命令用户访问创建用户 SQL SQL语句分 ...
MySQL数据库篇之初识数据库
主要知识点: 一.数据库概述二.mysql安装与基本管理 1️⃣ 数据库概述 1.什么是数据(Data)? 描述事物的符号记录称为数据,描述事物的符号既可以是数字,也可以是文字.图片,图像.声音. ...
时序列数据库武斗大会之 TSDB 名录 Part 1
2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>> [编者按] 刘斌,OneAPM后端研发工程师,拥有10多年编程经验,参与过大型金融.通信以及Android手机操作系的开发,熟 ...
[转]时序列数据库武斗大会之什么是TSDB
由于工作上的关系,最近看了一些关于时序列数据库的东西,当然,我所看的也都是以开源方案为主. 趁着这股热劲还没退,希望能整理一些资料出来.如果正好你也有这方面的需求,那么希望这一系列的介绍能够帮助到你. ...
（2021年）IT技术分享社区个人文章汇总（数据库篇）
时间过的真快,2021年快要结束了,IT技术分享社区公众号,小编坚持每天给大家分享IT技术相关的文章,希望小编分享的文章能够给大家在日常的工作当中,带来一点帮助,也感谢大家对本公众号的支持,未来我会坚 ...
miRNA数据库篇——TargetScan:哺乳动物miRNA靶基因数据库
TargetScan:哺乳动物miRNA靶基因数据库哺乳动物中的miRNA通过结合转录本序列的3'UTR区,从而发挥转录后调控作用.TargetScan是一个专门分析哺乳动物miRNA靶基因的软件, ...
时序列数据库武斗大会之 OpenTSDB 篇
在前面的<时序列数据库武斗大会之 TSDB 名录 Part 1>和<时序列数据库武斗大会之TSDB名录 Part 2>中,我们介绍了一些常见的TSDB,并在<时间序列数据 ...
miRNA数据库篇——mirDIP:最全面的人类miRNA靶基因数据库
mirDIP:最全面的人类miRNA靶基因数据库 mirDIP集成了30个来源数据库中human相关的靶基因信息,网址如下: http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/index ...
重磅！这个生信神器助你文章秒出图——miRNA与基因互作数据库
我们熟知,在特定情况下,microRNA(miRNA)可以直接或间接激活和抑制基因表达.但是,尚没有基于多组学的数据库能够证明对激活与抑制以及正常与癌症状况之间相互作用模式转换的系统数据.今天我们为大 ...
MySQL,Oracle系统学习,以及SQL语言-----数据库篇学习笔记
Handouts MySQL和Oracle系统学习一. 开篇立意(~~~~必看,有说明~~~~) 二. Oracle 篇数据库存在之意义基础概念(必须看,后面不会说明!!!) Oracle管理系 ...

最新文章

热门文章