学习大神使用R画火山图详细步骤
R软件 ggplot2
一、导入包
library(ggplot2)
二、改变工作路径,将工作路径改变到数据存放的文件夹下
getwd()
setwd()
三、读取数据,我的是别人博客里下载的volcano.txt
data = read.table(file = "C:/Users/Administrator/Documents/R/volcano.txt", header = T, row.names = 1, sep = "\t")
#header =T 将数据的第一行作为标题(虽然不懂什么标题??)
row.names = 1 第一列为行名(我也不懂??)
sep = "\t" 以什么分割(txt 制表符间隔 \t csv 逗号间隔 , )
四、设置横轴和纵轴
r03 = ggplot(data, aes(log2FoldChange, -1*log10(padj))) #火山图的横纵坐标规定的
五、显示火山图
r03 + geom_point()
六、改变点的颜色(上面显示出来就是黑色)
r03 +geom_point(aes(color = "red")) #全部显示红色,只能设置一种
r03 +geom_point(aes(color = significant)) #颜色有significant来确定,成了三色,significant是数据表中的一列,相当于一个tag,不懂??
addcolor = r03 + geom_point(aes(color = significant))
addcolor #不懂这一步作用,图像上没差别??
七、设置坐标轴范围和标题 (横坐标范围:xlim(),纵坐标范围:ylim()函数,添加标签:labs(title=“..”,x=“..”,y=“..”) 不懂ing??)
r03xy = addcolor + xlim(-4,4) + ylim(0,30) + labs(tittle = "volcanoplot", x = expression(log2FoldChange), y = expression(-log10(padj)))
r03xy #图像有变化,少了387个点。感觉这里的范围应该要请教师兄,转录组作图应该是什么范围??应该有个标准
八、自定义颜色(要与指定颜色数量一致???颜色数量??难道还能有四种颜色吗?)
volcano= r03xy +scale_color_manual(values =c("green","black", "red"))
volcano #颜色变了
九、添加阈值线(y轴截距,横坐标范围)
addline = volcano + geom_hline(yintercept = 1.3) + geom_vline(xintercept = c(-1,1))
addline #三条垂直的黑线
十、保存图片(名称,图,宽,高)
ggsave("volcano8.png", volcano, width = 8, height = 8) #最早修改的路径下查看,nice
终于找到一篇,能完整做完的,找了好多都半途而废,卡死了
流程参照 https://blog.csdn.net/u011808596/article/details/80935178
找不到数据来源了,数据名称就是volcano.txt,百度找火山图流程
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