修改 MrBayes 3.2 源码解决不能恢复断点的问题

　　当数据量较大时，用MrBayes进行计算通常是旷日持久的事情，几天甚至几个月。中间如果断电死机什么的发生就很令人发狂了。于是 MrBayes 3.2 svn 版增加了一个断点保存的功能，死机后可以从保存的断点处继续计算。只要在mcmc命令中加入checkfreq=n (n为保存断点间隔的代数）参数即可保存断点；下次从断点继续运算时，在mcmc 命令中加入append=yes参数即可.

　　碰巧的是，前些天不知道谁把我用来计算的那台服务器的电源碰掉了，我那已经算了20多天的任务啊.....! 　想砍人之余又庆幸事前曾经设置了断点保存。可是当我在mcmc 命令中加入append=yes参数以恢复运算时，不幸的事还是发生了，MrBayes报错并停止：A maximum of 2000 characters is allowed on a single line, The longest line of the file xxx contains at least one line with 58000 characters. 当时就有欲哭无泪的感觉啊。稍稍平复一下心情，决定还是从程序的源代码查起吧，希望不是一个与算法有关的大bug(小修小改能搞定，跟算法有关的话短时间就没办法搞了)！拿出错消息grep一下所有的源文件，发现问题在这里：

trunk/src/command.c-3211-    /* find length of longest line */
trunk/src/command.c-3212-    longestLineLength = LongestLine (fp);
trunk/src/command.c-3213-    MrBayesPrint ("%s   Longest line length = %d\n", spacer, longestLineLength);
trunk/src/command.c-3214-    longestLineLength += 50;
trunk/src/command.c-3215-
trunk/src/command.c:3216:    /* check that longest line is not longer than CMD_STRING_LENGTH */
trunk/src/command.c:3217:    if (longestLineLength >= CMD_STRING_LENGTH - 100)
trunk/src/command.c-3218-        {
trunk/src/command.c:3219:        MrBayesPrint ("%s   A maximum of %d characters is allowed on a single line\n", spacer, CMD_STRING_LENGTH - 100);
trunk/src/command.c-3220-        MrBayesPrint ("%s   in a file. The longest line of the file %s\n", spacer, inputFileName);
trunk/src/command.c-3221-        MrBayesPrint ("%s   contains at least one line with %d characters.\n", spacer, longestLineLength);
trunk/src/command.c-3222-        nErrors++;
trunk/src/command.c-3223-        }
trunk/src/command.c-3224-#    if defined (MPI_ENABLED)

　　原来最长行的字符数被 CMD_STRING_LENGTH 所限制。grep搜CMD_STRING_LENGTH，在mb.h中找到：

trunk/src/mb.h-250-#define OMEGA_MAX 1000000.0f
trunk/src/mb.h-251-
trunk/src/mb.h-252-#define POS_INFINITY 1E25f;
trunk/src/mb.h-253-#define NEG_INFINITY -1000000.0f
trunk/src/mb.h-254-
trunk/src/mb.h:255:#define CMD_STRING_LENGTH 200000
trunk/src/mb.h-256-

　　原来 CMD_STRING_LENGTH 被限制到了20000，该值已经大大不能符合我的数据要求了。于是操刀将其放大10倍，改为200000。重新编译MrBayes, 再次从断点处回复执行, OK，熟悉的计算过程又回来了。20多天的计算总算没白费。

转载于:https://www.cnblogs.com/agateriver/archive/2010/05/31/1748373.html

修改 MrBayes 3.2 源码解决不能恢复断点的问题相关推荐

C#使用Xamarin开发可移植移动应用进阶篇(7.使用布局渲染器,修改默认布局),附源码...
原文:C#使用Xamarin开发可移植移动应用进阶篇(7.使用布局渲染器,修改默认布局),附源码前言系列目录 C#使用Xamarin开发可移植移动应用目录源码地址:https://github. ...
31_ElasticSearch 修改IK分词器源码来基于mysql热更新词库
31_ElasticSearch 修改IK分词器源码来基于mysql热更新词库更多干货分布式实战(干货) spring cloud 实战(干货) mybatis 实战(干货) spring boo ...
zookeeper源码分析之恢复事务日志
zookeeper源码分析之恢复事务日志前言源码分析查看事务日志命令总结前言本文是基于zookeeper集群启动过程分析(https://blog.csdn.net/weixin_4244 ...
Python 技术篇 - 修改源码解决中文主机名导致的flask、socket服务起不来问题： ‘utf-8‘ codec can‘t decode byte 0xc0 in position...
由于主机名为中文导致的 flask 服务起不来,报错如下: File "D:\work\python3.9_64\lib\socket.py", line 791, in getf ...
使用pdfBox实现pdf转图片出现中文方块乱码简单修改源码解决
参考文章问题排查:使用pdfbox将pdf转image时STSong-Light字体中文乱码 pdfbox版本是2.0 日志中打印出类似这样的日志(例:Using fallback XXX for ...
es修改IK分词器源码 mysql热词动态更新(报错解决x3)
最近在公司遇到的一个问题,给elasticsearch配置ik热部署mysql词库. 我是参照下面这个博客来做的 https://www.cnblogs.com/xiaoxiaoliu/p/11218 ...
django-oscar的物流状态pending修改以及分析源码解决报错:The new status 'xxx' is not valid for this order
先说物流状态的修改: django-oscar自带的物流状态是四个: OSCAR_INITIAL_ORDER_STATUS = 'Pending' OSCAR_INITIAL_LINE_STATUS ...
【咸鱼教程】置于后台停止计时，修改引擎源码解决。
一调试环境二修改引擎三弊端一调试环境环境: 引擎版本4.0.3 原因是tween.timer等使用的心跳计时器starttick,都是优先检查window的request ...
【转载保存】修改IK分词器源码实现动态加载词典
链接:http://www.gongstring.com/portal/article/index/id/59.html 当前IKAnalyzer从发布最后一个版本后就一直没有再更新,使用过程中,经常 ...

修改 MrBayes 3.2 源码解决不能恢复断点的问题

修改 MrBayes 3.2 源码解决不能恢复断点的问题相关推荐

最新文章

热门文章