本地blast安装使用教程
本地blast使用教程
一、 软件安装
1.下载地址:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.11.0/
2.点击红框里的版本开始下载:
3.安装步骤:
查看是否安装成功(可以不操作,直接跳到到配置环境变量):
① 找到自己安装的文件夹
② 将上图红框的位置改为cmd,然后回车进入命令提示符
③ 在命令提示符输入blastn –version,然后回车
回车之后显示下图则证明安装成功
二、 配置环境变量
如图所示建立新文件夹命名为database
添加环境变量
① 右键上图database文件夹,点击属性,如下图,选择安全,然后复制红框内的路径
② 打开我的电脑,右击然后选择属性,点击高级系统设置,如下图:
选择高级,点击环境变量
点击下图红框内的新建按钮
如下图,变量名输入blastdb(红框),变量值粘贴第①步复制的路径(蓝框),填完之后点击确定
然后点击下图蓝框内的确定,就配置好环境变量了。
注:配置环境变量的目的是让系统知道数据库的位置在哪里
三、 本地blast的使用
- 建立数据库
① 下载需要的基因组或cds序列文件(.fasta格式)
②下载完成后解压选择需要的序列文件(以中牧一号cds序列为例)
② 复制上图红框内的文件粘贴到刚才新建的database文件夹中,如下图
为了方便可以将名字改为zhongmuyihao_cds.fasta
③ 在database文件夹内,将下图红框位置改为cmd然后回车
进入命令提示符,如下图
输入:
makeblastdb -in zhongmuyihao_cds.fasta -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl 然后回车
注意:黄色框框里输入的是序列库的名称,需要和我们粘贴到database文件夹里的名称一致;蓝色框框里只能写nucl或者prot,nucl代表核酸库,prot代表蛋白库,我们建立的cds序列库所以写nucl。
回车之后出现下图则证明建库成功:
此时回到database文件夹发现多了很多其他格式的文件夹,如下图:
- 进行序列比对
① 将我们需要比对的序列(.fasta格式)粘贴到如下位置:
② 像之前一样,在下图红框输入cmd并回车
输入tblastn -query b.fasta -db zhongmuyihao_cds.fasta -out b.out -outfmt 7 -evalue 0.00001 然后回车,如下图:
注意:示例用的蛋白序列比对的核酸库,所以上图黄色框框里填写的是tblastn(其他规则见下图),蓝色框框里写的是需要比对的序列,和刚才粘贴的文件名一致,绿色框框里写的是我们建的序列库,上图用的是中牧一号的cds序列库,白色框框里写的是输出文件的名称,尽量与蓝框对应(如b.fasta对应b.out)。其他部分不需要变化。
然后返回下图文件夹,会生成.out文件:
将.out文件转化为.xls(Excel文件)格式(重命名,将out改为xls)如下图:
点击 是
然后打开.xls文件,如下图:
上图从左到右分别是:query acc.ver, subject acc.ver, % identity, alignment length, mismatches, gap opens, q. start, q. end, s. start, s. end, evalue, bit score,他们的含义如下图:
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