Fst详解(具体计算步骤)
Fst,用于衡量种群分化程度,取值从0到1,为0则认为两个种群间是随机交配的,基因型完全相似;为1则表示是完全隔离的,完全不相似。它往往从基因的多样性来估计,比如SNP或者microsatellites(串联重复序列一种,长度小于等于10bp)。是一种以哈温平衡为前提的种群遗传学统计方法。
下面从一个例子来看如何计算Fst:
AA | Aa | aa | |
种群1 | 125 | 250 | 125 |
种群2 | 50 | 30 | 20 |
种群3 | 100 | 500 | 400 |
表格表示为三个种群中一个等位基因的存在情况。
第一步,计算种群大小:
种群1: 500
种群2: 100
种群3: 1000
第二步,计算等位基因的频率:
p1=(125*2+250)/1000=0.5
q1=1-p1=0.5
p2=(50*2+30)/200=0.65
q2=1-p2=0.35
p3=(100*2+500)/200=0.35
q3=1-p3=0.65
第三步,计算哈温平衡下预期基因型:
种群1: E(AA)=500*0.5*0.5=125(与实际相等)
E(Aa)=500*0.5*0.5*2=250(与实际相等)
E(aa)=500*0.5*0.5=125(与实际相等)
种群2: E(AA)=100*0.65*0.65=42.25(比实际小7.75)
E(Aa)=100*0.65*0.35*2=45.5(比实际多15.5)
E(aa)=100*0.35*0.35=12.25(比实际小7.75)
种群3: E(AA)=1000*0.35*0.35=122.5(比实际多22.5)
E(Aa)=1000*0.35*0.65*2=455(比实际小45)
E(aa)=1000*0.65*0.65=422.5(比实际多22.5)
种群1的 预期=实际,完美适合;
种群2的 预期比实际少15.5个纯合子,也可以理解为实际比预期多15.5个纯合子,可能是近交导致;
种群3的 预期比实际多45个纯合子,也可以理解为实际和预期相比有45个纯合子缺失,可能是远交或Wahlund效应导致。
第四步,计算每个亚群实际观察到的杂合度:
种群1: 250/500=0.5
种群2: 30/100=0.3
种群3: 500/1000=0.5
第五步,计算每个亚群预期的杂合度:
第六步,计算每个亚群的近交系数:
F1=(0.5-0.5)/0.5=0 不近交,不远交
F2=(0.455-0.3)/0.455=0.341 存在近交情况,实际杂合子比预期的少
F3=(0.455-0.5)/0.455=-0.099 存在远交情况,实际杂合子比预期的多
第七步,计算在整个种群中等位基因A的频率:
第八步,计算在整个种群中等位基因a的频率:
第九步,计算三种杂合性指数:
HI(实际杂合度)
HS(亚群预计杂合度--通过每个亚群预计杂合度(亚群等位基因频率)来计算)
HT(种群预计杂合度--通过种群中预计等位基因频率来计算)
第十步,计算:
Fst详解(具体计算步骤)相关推荐
- 腾讯小程序 java编写_微信小程序 使用腾讯地图SDK详解及实现步骤
微信小程序 使用腾讯地图SDK详解及实现步骤 近期在做一款彩票服务类项目中用到了腾讯地图提供的小程序解决方案,拿来给大家分享一下! 使用起来非常简单,就是一些功能还有待完善. 官方文档:http:// ...
- rsync的介绍及参数详解,配置步骤,工作模式介绍
rsync的介绍及参数详解,配置步骤,工作模式介绍 rsync是类unix系统下的数据镜像备份工具.它是快速增量备份.全量备份工具. Sync可以远程同步,支持本地复制,或者与其他SSH.rsync主 ...
- 微信小程序 使用腾讯地图SDK详解及实现步骤
信小程序 使用腾讯地图SDK详解及实现步骤 微信小程序JavaScript SDK: 官方文档:http://lbs.qq.com/qqmap_wx_jssdk/index.html 步骤: 1.申请 ...
- (20)目标检测算法之YOLOv5计算预选框、详解anchor计算
目标检测算法之YOLOv5计算预选框.详解anchor计算 单节段目标检测算法中:预选框的设定直接影响最终的检测精度 众所周知,yolov5中采用自适应调整预选框anchor的大小,但万事开头难,配置 ...
- Apollo6.0代码Lattice算法详解——Part4:计算障碍物ST/SL图
Apollo6.0代码Lattice算法详解--Part4:计算障碍物ST/SL图 0.前置知识 1.涉及主要函数 2.函数关系 3.部分函数代码详解 3.1 lattice_planner.cc中代 ...
- 【计算机网络】CRC校验码||循环冗余码详解及计算习题
[计算机网络]CRC校验码||循环冗余码详解及计算习题
- oracle中datepart函数,Asp DatePart 函数的语法详解(用于计算日期并返回指定的时间间隔)...
Asp DatePart 函数的语法详解(用于计算日期并返回指定的时间间隔) 更新时间:2012年07月31日 21:32:58 作者: ASP(VBScript) 参考手册中,已经对 DateP ...
- log4j.properties 详解与配置步骤总结
先提供一个项目中使用log4j.properties配置 #log4j.rootLogger=WARN, stdout, file log4j.rootLogger=INFO,console,dail ...
- 已知坐标增量求坐标方位角_详解坐标计算的方式!值得收藏!
在工程施工过程中我们常常需要进行复杂的计算,应对于这样的问题,市面上出现了许多的专用测量软件,但因为其质量参差不齐,尤其是对于坐标的实际检查比较困难,容易让人走许多没必要的弯路,所以小编特意为各位带来 ...
- 5G时代不可或缺的关键技术:详解边缘计算参考架构3.0
导读:边缘计算产业联盟(ECC)与工业互联网产业联盟(AII)在2018年11月联合发布了边缘计算参考架构3.0.本文将以这个参考模型为基础,来介绍边缘计算的目标架构. 作者:任旭东 等 来源:大数据 ...
最新文章
- Java开发工具(Eclipse中内容辅助键的使用)
- 9个点的所有解锁图_黔隆科技刷机教程酷派C1068忘记密码刷机解锁降级救砖解屏幕锁账户锁教程...
- C语言学习之一个数如果恰好等于它的因子之和,这个数就称为“完数”。例如,6的因子为1,2,3,而6=1+2+3,因此6是“完数”。编程序找出1000之内的所有完数。
- PKG_CONFIG_PATH错误提示解决办法
- OpenCV直线和圆形检测
- Abp v0.18.0 新版本: MVC Module 启动模板
- matlab平差程序设计,基于MATLAB的水准网平差程序设计与实现
- JSTL标签用法:c:choosec:forEachc:ifc:whenc:set
- python求解LeetCode习题Compare Version Numbers
- C# ocr识别(Tesseract库)
- Unity2018引用System.Windows.Forms.dll发布报错
- devc运行窗口不显示_编写Qt多窗口程序
- baacloud是正规软件吗_baacloud,
- c#数据格式化之DataFormatString
- 信息安全等级保护三级要求,安全管理机构多年测评经验分享
- 移动app性能测试工具:Emmagee使用介绍
- iOS UINavigationController导航条背景透明
- excel查重复_毕业季论文查重攻略,手把手教你降低重复率!
- spark-大表join优化方案
- 2022高教杯思路 数模思路
热门文章
- 平板android怎么升级版本,[原创]最简单的方式为华硕平板电脑EeePad TF101升级Android 3.1教程...
- 书论60 解缙《春雨杂述》
- go error接口与errors包详解
- 绝地求生:刺激战场正式服上线!电脑玩刺激战场手游攻略看过来
- html4播放mp3,在网页播放MP3、WMA音乐的代码
- delphi QQ尾巴源码
- python dota2数据 2 英雄名和胜负
- cv2.findContours 和 measure.find_contours 找轮廓
- CQ40 开机 caps lock scroll灯闪 一直闪 黑屏啊·进不了windows界面
- Spring 事务管理的详细讲解及使用