Autodock 4.2 操作流程

#版本 autogrid 4.2，autodock 4.2，win7系统。20150914

1、打开AutodockTools 4.2 应用程序；

2、点击“File”----“Read Molecular”或“Import”----“Fetch From Web”打开蛋白分子；

3、对蛋白分子进行除水，除盐，加氢，加电，改变原子类型的处理；

(1)点击“Edit”----“Delect Water”；

(2)点击左边界面蛋白分子下拉菜单，找出水分子或盐进行删除；

(3)点击“File”----“Hydrogens”----“Add”----“All Hydrogens”，点击“OK”；

(4)点击“Edit”----“Charges”----“Add Kollman Charges”（蛋白大分子加此电荷）；

(5)点击“Atoms”----“Assign AD4 type”；

(6)点击“File”----“Save”----“Write PDBQT”保存路径不能更改，然后点击“OK”；

4、配体分子的准备与处理

(1)用chemoffice画好配体分子，并进行能量最优化处理，一般保存为“.mol2”文件类型；

(2)用ADT4.2“Ligand”----“Input”----“Open”，打开“.mol2”配体文件，注意是否已加电荷；

(3)点击“Ligand”----“Output”----“Save as PDBQT”；

5、Grid的操作

(1)点击“Grid”----“Macromolecular”----“Choose”，选择蛋白分子，保存即可；

(2)点击“Grid”----“Set Map Types”----“Choose Ligand”选择配体分子；

(3)点击“Grid”----“Grid Box”，将区域完全包含蛋白分子的活性口袋及其侧链；

(4)“Grid Box”参数设置完成后，点击“File”----“Close Saving Current”；

(5)点击“Grid”----“Output”----“Save GPF”，保存时注意文件名需要为“xxx.gpf”格式（xxx为对

应的文件名）；

6、Docking的操作

(1)点击“Docking”----“Macromolecular”----“Set rigid Filename”；

(2)点击“Docking”----“Ligand”----“Choose”选择配体分子----“Select ligand”----“Accept”；（参

数根据不同情况可做相应的修改，也可默认设置）；

(3)点击“Docking”----“Search Parameters”----“Genetic Algorithm”----“Accept”；

(4)点击“Docking”----“Docking Parameters”；

(5)点击“Docking”----“Output”----“Lamarckian GA/Genetic Algorithm”，保存时注意文件名需

为“xxx.dpf”格式；（xxx为对应文件名）

7、Run的操作

(1)点击“Run”----“Run Autogrid”；

①“Wording Directory”为Autogrid安装包文件夹路径；

②“Program Pathname”为Autogrid运行程序的路径；

③“Parameter Filename”为“xxx.gpf”文件的路径；

④“Log Filename”为选择完“xxx.gpf”文件后自动默认选择，文件格式为“.glg”；

(2)设置完毕后，点击“Launch”，会出现一个“Format”窗口，不要关闭，让系统自动运算，运

算完成后会自动关闭，此时原路径下会多出很多类型文件，如“xxx.A”，“xxx.C”，“XXX.d”，

“xxx.e”，“xxx.maps”，“xxx.maps.xyz”，“xxx.OA”，注意文件大小，若是为0K，则说明

autogrid运算失败，（若Format窗口一闪而过，一般运行失败）此时需要返回检查异常地

方；

(3)点击“Run”----“Run Autodock”

①“Wording Directory”为Autodock安装包文件夹路径；

②“Program Pathname”为Autodock运行程序的路径；

③“Parameter Filename”为“xxx.dpf”文件的路径；

④“Log Filename”为选择完“xxx.dpf”文件后自动生成“xxx.dlg”文件类型；（主要文件）

(4)设置完毕后，点击“Launch”，会出现一个“Format”窗口，此时运算较久，不要关闭任何窗

口，计算完毕后，在原路径下生成“xxx.dlg”文件，打开文件，拉至最后，会有“Successful

Completion”等字眼，表明运算执行成功；

(5)“.dlg”文件的分析

①打开dlg文件，记录每次运算的结果并进行最优排列；

②拉至后面，会出现很多“#######”的表格，即在“Clustering Histogram”下的表格，记录运算次数下的

分组情况，并列出每组的最优结果；

③“RMSD TABLE”下的表格将详细列出分组下的情况并排序；

④“Lowest energy Docked comformation from each cluster”下详细列出每组最优结果的详细

信息；

8、Analyze的操作

(1)点击“Analyze”----“Dockings”----“Open”，选择“xxx.dlg”文件打开；

(2)点击“Analyze”----“Macromolecular”----“Open”，打开蛋白分子；

(3)点击“Analyze”----“Comformations”----“Play”可以看到每次Docking的位置；

(4)在“Play”下的窗口中点击倒数第二个图标“&”，打开“Set Play Options”界面，点击“Build H-

bonds”可显示氢键，最后点击“Write Complex”保存结合文件，文件名命名为“xxx.pdb”，方便

后续在chimera中进行处理。

注：默认路径为C:\Users\Administrator，所有运行文件会在该路径下；

修改路径方法：“File”----“Preferences”----“Set”----“Start Directory”，删除原路径，点击右边

“Set”选择保存的路径即可。

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