python实现DNA序列字符串转换，互补链，反向链，反向互补链

在生物信息学分析中，经常对DNA序列进行一系列操作，包括子序列截取，互补序列获取，反向序列获取，反向互补序列获取。在python语言中，可编写如下函数完成这些简单功能。

子序列截取

python中对序列截取使用字符串切片功能就可以完成，例如：

>>> seq="ATGATATAGtatatatgCAAGAGg"
>>> subseq = seq[1:6]
>>> subseq
"TGATA"

注意，切片操作是“0-base”的，包左不包右。

互补序列获取

比较常见的做法是定义一个碱基替换字典，如下所示：

def complement(s)：basecomplemt = {"A":"T","T":"A","G":"C","C":G","a":"t","t":"a","g":"c","c":"g",}letters = list(s)letters = [basecomplement[base] for base in letters]return ''.join(letters)

使用python3字符串使用的translate方法

def complement(seq):return seq.translate(str.maketrans('ACGTacgtRYMKrymkVBHDvbhd', 'TGCAtgcaYRKMyrkmBVDHbvdh'))

或python2 string包中的maketrans方法

from string import maketransdef complement(seq):return seq.translate(maketrans('ACGTacgtRYMKrymkVBHDvbhd', 'TGCAtgcaYRKMyrkmBVDHbvdh'))

反向互补序列获取

def revcomp(seq): return complement(seq)[::-1]

参考资料

DNA反向互补序列获取

转载于:https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/9332561.html

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