大家好,我是小马老师。
使用lammps运行多体耗散粒子动力学(MDPD)时提示了一个错误:

在解决这个问题之前,先说说lammps中的一个概念:ghost atoms。
在lammps进行并行计算时,体系的原子会被分配到不同的cpu核心进行计算。
当一个cpu的原子A的近邻原子B处于另外一个cpu核心时,B称为A的“ghost atoms”。
“ghost”粒子保存在一个单独的列表list中,默认情况下,这个列表只保存ghost原子坐标,并不保存速度等信息。
但mpdp在进行计算时,需要ghost粒子的平移速度、角速度和角动量等速度信息。
因此,需要改变lammps默认设置,在list列表中保存ghost粒子的速度信息。
使用的命令为:

comm_modify vel yes

在in文件势函数代码之前添加这句命令后,程序就可以正常运行了:

lammps in文件编写相对复杂,如果在lammps模拟过程中遇到问题,可以在文章后面留言,也可以加QQ群或者微信联系我,在模拟过程中如果感觉有困难,可以报名参加一对一的咨询和指导,由我来帮你快速解决问题。

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