perl函数substr应用举例

提供了参考序列，需要根据起始位置和终止位置提取参考序列上固定的碱基序列，碱基位置及参考序列如下表

参考基因组	起始位置	终止位置
NC_002645.1	293	12550
NC_006577.2	206	21753
NC_006213.1	210	21496
NC_005831.2	287	20475
NC_004718.3	265	21485
NC_019843.3	279	21514
NC_045512.2	266	21555

参考序列文件如下：

参考基因组	参考序列
NC_002645.1	ATCG…
NC_006577.2	ATCG…
NC_004718.3	ATCG…

…
提取脚本如下：

use strict;
use warnings;my $in=shift;
open IN,"<$in" or die "pleaes give a file.\n";
print "参考基因组\t序列\n";
while(<IN>)
{chomp;my @a=split("\t",$_);open IN2,"<$a[0]";while(<IN2>){chomp;my $length=$a[2]-$a[1]+1;my $seq=substr($_,$a[1],$length);print "$a[0]\t$seq\n";}  close IN2;
}
close IN;

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