cd-hit 转录本聚类

可以将Trinity.fasta最长转录本作为unigenes，也可以使用其他软件，如GTICL和cd-hit。一般GTICL和cd-hit得到的unigenes比Trinity软件得到的数量要多，有人指出在GTICL和cd-hit的结果中能找到自己想要的基因，而在最长库中有的难以找到。

1. 安装

Cd-hit下载网址为https://github.com/weizhongli/cdhit。

解压后直接输入命令：make，进行编译即可。

2. 运行

Cd-hit的输入文件仅有一个fasta文件，可将几个样品的基因或蛋白序列汇总进行聚类，如：cat a.fasta b.fasta c.fasta > all.fasta。注意各样品的序列名称不能重复。

$ cd-hit-est -i in.fasta -o out.fasta -n 8 -d 0 -M 100000 - T 48

cd-hit-est: 核酸聚类

-M: 内存，单位M

-T: CPU线程数

-c: threshold，默认为0.9

-d: 命名符号长度，默认20,0则为>原序列名

Choose of word size:

-n 10, 11 for thresholds 0.95 ~ 1.0

-n 8,9 for thresholds 0.90 ~ 0.95

-n 7 for thresholds 0.88 ~ 0.9

-n 6 for thresholds 0.85 ~ 0.88

-n 5 for thresholds 0.80 ~ 0.85

-n 4 for thresholds 0.75 ~ 0.8

转载于:https://www.cnblogs.com/shawn2018/p/8336191.html

cd-hit 转录本聚类相关推荐

Syllable-Based Acoustic Modeling with CTC-SMBR-LSTM翻译
摘要我们探讨了用音节而不是音素作为输出来训练长期短期记忆(LSTM)循环神经网络(RNN)的可行性.音节是建模自然语言(例如普通话)声学模型语言单位的一种自然选择,这是因为音节作为基本发音结构的固有 ...
微生物组—宏基因组分析专题培训开课啦！10月北京
在广大粉丝的期待下,<生信宝典>联合<宏基因组>在2018年10月19-21日,北京鼓楼推出<宏基因组分析专题培训>专题培训第二期,为大家提供一条走进生信大门的捷径 ...
linux下自动补全问题: autocomplete sh: ( compgen -d — ” ): No such file or directory
autocomplete sh: <( compgen -d - " ): No such file or directory http://www.dansketcher.com/2 ...
机器学习常见面试题总结
序号题目难度 A B C D E F 正确答案 1 关于 Logit 回归和 SVM 不正确的是简单 Logit 回归目标函数是最小化后验概率 Logit 回归可以用于预测事件发生概率的大小 S ...
掌握三代全长转录组测序，看这一篇就够了！
"三代转录组"是什么?对于混迹在科研领域的一员,如果现在还不了解全长转录组测序,恐怕都不好意思说自己了解高通量测序了呢! 今天小编总结了一些三代全长转录组测序的相关问题,给大家来一 ...
gff文件_GTF与GFF文件所有操作尽在这里
一.格式介绍 (一)gtf文件.GTF 为General Transfer Format缩写,跟 GFF2格式类似.相信大家做转录组分析时候经常会看到Cufflinks或者Stringtie软件对转录 ...
python 密度聚类使用_使用wgd进行全基因组复制分析
因为全基因组复制(Whole genome duplications, WGD)是生物进化的重要因素之一, 所以WGD分析也是基因组分析经常用到的一种分析方法.举个例子,我们之所以能在多条染色体之间发 ...
Udacity机器人软件工程师课程笔记（二十一) - 对点云进行集群可视化 - 聚类的分割 - K-means|K均值聚类, DBSCAN算法
聚类的分割 1.K-均值聚类 (1)K-均值聚类介绍 k均值聚类算法(k-means clustering algorithm)是一种迭代求解的聚类分析算法,其步骤是随机选取K个对象作为初始的聚类中心 ...
QIIME 2教程. 19使用q2-vsearch聚类ASVs为OTUs(2021.2)
使用q2-vsearch聚类序列为OTUs Clustering sequences into OTUs using q2-vsearch 目前QIIME2支持三个聚类方式:无参(De novo), ...

cd-hit 转录本聚类

cd-hit 转录本聚类相关推荐

最新文章

热门文章