edger多组差异性分析_edger差异分析，如何查询分组差异的结果

如何设置分组，知道那个是对照，那个是control，免得做反了。。。

library(edgeR)

counts

"data_test.txt",

header=T,

sep="\t",

row.names=1,

comment.char="",

check.names=F)

head(counts)

# 设置样本分组

groups

# 构建edgeR中的对象

#根据CPM表达量对基因进行过滤

#keep 1) >= 2

##CPM 为 1 代表在最小的样本中，count 为 6——7

####每组至少有两个样本，所以要求至少在 2 个库中表达(>=2)

##归一化TMM

#差异分析

#design

###计算离散度,估计离散值(Dispersion)

##估算方法1

####一次性计算common dispersion和tagwise disperson

##估算方法2，

###务必先计算common dispersed

###再计算

tagwise disperson

#### Responder Vs Un_Responder.精确检测是基于 qCML 方法的，仅适用于单因素实验。

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