rda冗余分析步骤_使用CANOCO进行CCA或RDA教程分析.ppt

如何用CANOCO 4.5 进行CCA/RDA分析郑有用由于制作者水平有限，本篇不涉及蒙特卡洛检验。进一步学习应参考《Canoco for Windows 4.5 中文简明教程》与《Multivariate Analysis of Ecological Data Using Canoco》。本篇内容参考上述资料。数据文件预处理 WCanoImp是将excel数据转换为CANOCO可以处理的数据格式的程序。使用方法： 1、打开excel文件，将数据组织为“以行代表样方，以列代表变量”的格式。 2、选中这一部分，并复制(此时这些数据在粘贴板上，WCanoImp将直接从粘贴板上读取这些数据)。 3、打开WCanoImp，点击保存(如果数据格式以如前所述在excel文件中组织好，则不需要点击任何选框，直接保存即可)。保存文件后缀为“dat”。 4、将环境变量和物种变量皆以上述步骤处理，得到两个dat文件，这是我们进行排序的原材料。 RDA排序分析 CANOCO for Windows 4.5是我们进行排序操作的程序。使用方法： 1、打开该程序，点击New project开始一次新的排序。 2、程序将出现一个名为”Available Data"的对话框，选框意义如下图。选择完毕后点选下一步(下面以进行RDA分析为例)。同时有物种数据与环境数据时选择(进行CCA、RDA必须有这两种数据)。直接梯度分析，包括RDA、CCA。进行这些分析时选择。这里藏着一行，是间接梯度分析，包括PCA、CA等。 3、进入“Data Files”对话框，用于指明将要进行处理的数据文件。指定后点击下一步。分别选择前面处理后的环境与物种数据文件(dat文件)。选择结果输出文件。程序没有自动建立结果输出文件的功能，因此需要我们手动建立。建立方法是：建立一个空的文本文件，然后把后缀改为“sol”即可。建立后再在本对话框中指定它。 4、进入“Type of Analysis”对话框，用于指明需要的分析类型。此处以RDA为例。指定后点击下一步。前面若在”Available Data"对话框中选择了间接梯度排序，在此处就可以选择这几种方法因为我们前面在”Available Data"对话框中选择了直接梯度排序，在此处只能选择几种直接梯度排序的方法，包括CCA、 RDA。 5、进入“Scaling： Linear Methods”对话框，此处参数的选择见Multivariate Analysis of Ecological Data Using Canoco的P55，选择后对图解释方式的影响见P152-153。指定后点击下一步。关注样方情况时选择这个。关注物种时选择。物种箭头长度代表物种在排序空间内的变异性。选择这个时，物种箭头长度代表了该物种在多大程度上被排序图解释。样方情况与物种情况都想关注时选择。由于对原理的不了解，Species scores的选择对箭头长度的影响我还不能很好地理解。此外，这两个选项的选择还将对解释有下面影响：前者：物种变量箭头在另一个物种变量箭头线上的垂直投影代表了两者的相关性。后者：两个变量箭头之间cosine值代表了两者之间的相关性。但是，两种Species scores的在物种相关性方面解释的结果是差不多的。 CCA与RDA类似，但由于模型的不同，有个别参数设置不同。在此只介绍不同的部分前面选择了CCA分析后，进入“Scaling： Unimodal Methods”对话框。与RDA部分相同 biplot scaling 适用于物种比较集中，梯度较短类型。 Hill’s scaling选项适用于物种梯度较长尺度类型。一般选择前者就行，它能为排序图提供一个更量化的解释。 CCA中该对话框的选择 6、进入“Transformation of Species Data”对话框，此处参数的选择见Multivariate Analysis of Ecological Data Using Canoco的P13。指定后点击下一步。一般进行Log转换，默认值A、B为1的情况适应大多数情况。但是当物种数据的值太小(比如0.1以下)时，B=1会导致结果受参数B影响过大。此时应该改变A的值，比如说改为10。一般程序默认值在物种数据大约在0~100这个规模下结果良好。 7、进入“Centering and Standardization”对话框，只有线性模型的分析(PCA或RDA)才涉及此参数设置。此处参数的选择见Multivariate Analysis of Ecological Data Using Canoco的 P51。指定后点击下一步。物种数据经过中心化和标准化后，各列变量的平均

rda冗余分析步骤_使用CANOCO进行CCA或RDA教程分析.ppt相关推荐

rda冗余分析步骤_数量生态学笔记||冗余分析（RDA）
上一节数量生态学笔记||冗余分析(RDA)概述中,我们回顾了RDA的计算过程,不管这个过程我们有没有理解透彻,我希望你能知道的是:RDA是响应变量矩阵与解释变量之间多元多重线性回归的拟合值矩阵的PCA ...
canoco5冗余分析步骤_基因富集分析|理解
Gene Set Enrichment Analysis 基因富集分析哈罗大家好!ヾ(≧▽≦*)o 年初在和老板研究 Identifying Cell Subpopulations 有关的课题,发现 ...
rda冗余分析步骤_分子生态网络分析（MENA）构建微生物网络示例
分子生态网络分析(MENA)构建微生物网络示例续前文"微生物共发生网络",本篇继续简介分子生态网络分析(Molecular Ecological Network Analysis, ...
rda冗余分析步骤_群落分析的典范对应分析（CCA）概述
典范对应分析(CCA)与去趋势典范对应分析(DCCA)概述典范对应分析(canonical correspondence analysis,CCA)是单峰约束排序方法,是对应分析(CA)与多元回归的结 ...
rda冗余分析步骤_文献综述，步骤与问题！
这是社科学术圈推送的第1614篇文章文献综述也称研究综述,是指在全面掌握.分析某一学术问题(或研究领域)相关文献的基础上,对该学术问题(或研究领域)在一定时期内已有研究成果.存在问题进行分析.归 ...
canoco5冗余分析步骤_打造高性能的大数据分析平台
大数据时代,大数据的应用与挖掘,大数据的分析和决策,大数据在经济社会的运行轨道上发挥着愈来愈重要的作用.对于大数据分析,现在好多互联网金融公司和传统的商业银行.证券基金公司都非常看重.个个都想在大数据 ...
pythonjieba情感分析步骤_基于jieba和doc2vec的中文情感语料分类
Chinese-sentiment-analysis-with-Doc2Vec 简介中文语料的情感分析基本步骤如下: 爬取相关的语料或者下载相关语料(本文使用了对于宾馆评价的相关语料作为例子) 将语 ...
arcgis交通可达性分析步骤_【规划广角】街道慢行品质的多维度评价与导控策略——基于多源城市数据的整合分析...
欢迎点击以上蓝色字体关注规划师杂志作者苏州规划设计研究院交通所所长.同济大学建筑与城市规划学院博士研究生樊钧,同济大学建筑与城市规划学院硕士研究生唐皓明,同济大学建筑与城市规划学院助理教授.硕士生 ...
核磁谱图分析步骤_质谱仪、红外光谱、核磁共振氢谱
问题质谱仪.红外光谱.核磁共振氢谱,哪种能判断同分异构体? 观点1:有时候都能,有时候都不能. 观点2:质谱仪测相对分子质量的,肯定不能了,另外两个要看具体情况,有时候单独可以,最好配合使用. 观点 ...
核磁谱图分析步骤_核磁一般氢谱和碳谱的解析步骤
分析氢谱有如下的步骤. (1) 区分出杂质峰.溶剂峰.旋转边带. 杂质含量较低,其峰面积较样品峰小很多,样品和杂质峰面积之间也无简单的整数比关系.据此可将杂质峰区别出来.氘代试剂不可能100%氘代,其 ...

rda冗余分析步骤_使用CANOCO进行CCA或RDA教程分析.ppt

rda冗余分析步骤_使用CANOCO进行CCA或RDA教程分析.ppt相关推荐

最新文章

热门文章