RDKit | RDKit分子结构图的详细说明

二维绘制结构式是人类了解分子形状和特性的第一步。

RDKit中有多个绘制引擎，通过使用不同的方法绘制的结构在外观上有所不同。这次将深入研究RDKit的结构图，并说明SVG格式的绘制方法，该方法自2015.03更新起可用。可能有很多细节，但是了解幕后发生的事情通常会很有帮助。

导入模块和载入数据

首先，导入必要的库和分子。需要2020.03或更高版本的RDKit。

from rdkit import rdBase, Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Draw
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from IPython.display import SVG
print('rdkit version: ', rdBase.rdkitVersion)

rdkit version:  2020.03.1

suppl = Chem.SDMolSupplier('sdf_20191011165056.sdf')
mols = [x for x in suppl if x is not None]
len(mols)

RDKit | RDKit分子结构图的详细说明相关推荐

RDKit | 基于RDKit输出分子结构图（Image）的方法
RDKit内置功能绘制分子结构的函数,可根据rdkit.Chem.Draw包创建分子图像方法一:基于SMILES输出分子2D图(2D image) 导入库 from rdkit import Che ...
rdkit 读写分子操作
让计算机识别化学分子是计算化学的必备技能,也是对分子进行各种操作的基础. 文章目录一.简介二.读分子操作 2.1 引入所需库 2.2 读入smiles 2.3 读入mol文件 2.4 读入sdf文 ...
RDKit 操作分子对象
文章目录 1 引入所需库 2 获取分子中的原子 3 获取原子的坐标信息 4 访问单个原子的信息 4.1 访问所有原子: 5 分子中的键操作 5.1 也可以通过索引获取键: 6 获取分子中所有的环 1 ...
RDKit入门教程(2)——利用RDKit获取分子指纹
基于RDKit 获取分子指纹分子指纹(化学指纹,Chemical Fingerprinting): 将化学分子的特征利用二进制表示,如MDL公司开发的MACCSkeys指纹. MACCSkeys共有 ...
rdkit 绘制分子【可视化分子】
rdkit 内置了Draw模块,用于绘图,把一些经常用到的方法直接放在Draw下面. 文章目录一.引入所需库二.分子对象转化为图片 2.1 分子对象转图片文件函数解析 2.2 分子对象转图片函数解 ...
AI：人工智能概念之机器学习ML、深度学习DL、数据挖掘、知识发现、模式识别等重要领域之间比较关系结构图之详细攻略
AI:人工智能概念之机器学习ML.深度学习DL.数据挖掘.知识发现.模式识别等重要领域之间比较关系结构图之详细攻略目录 AI与ML.DL的概念 AI与ML.DL的结构关系图参考文章:<201 ...
要画分子结构图，就用ChemDraw
在化学中,经常会遇到分子结构图.分子模型图和化学实验演示,要画这些图在黑板上是很难实现的,要想画出标准的分子结构图,就需要用到专业的化学软件ChemDraw,下面就一起学习具体绘制技巧. ChemDr ...
Edraw Max分子结构图怎么绘制?
2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>> 分子结构图是化学科学中常见的结构图,可以通过不同元素构成分子结构图,常见的有甲基分子.硝基等.下面利用一个具体的实例说明化学分 ...
Java集合框架体系结构图（详细一体图）
java集合体系结构图比较详细.呕心沥血画出.请收好
RDKit | 将rdMolDraw2D和RDKit生成的结构图输出到Excel
环境 Windows10 Python3.6.8 RDKit 2020.03.3 导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw, All ...

RDKit | RDKit分子结构图的详细说明

导入模块和载入数据

RDKit | RDKit分子结构图的详细说明相关推荐

最新文章

热门文章