smina 基于结构的虚拟筛选

安装

下载：

!wget https://sourceforge.net/projects/smina/files/smina.static/download -O smina.static

修改执行权限

!chmod u+x smina.static

或者conda安装

conda install -c conda-forge smina

使用方式

config.txt文件中只放置了配体文件、受体文件、输出文件。

smina --config config.txt --autobox_ligand arg #arg为小分子配体文件

这里的autobox_ligand应该放置crystal_ligand。放置的是蛋白质受体的天然结晶配体。

参数

# arg表示该参数后面需要加参数-r [--receptor] arg刚性受体（PDBQT）--flex arg      柔性侧链（PDBQT）-l [--ligand] arg  配体（s）--flexres arg  特别的柔性侧链，通过逗号分隔 chain:resid--flexdist_ligand arg 用于flexdist的配体--flexdist arg  该参数表示flexdist配体多少距离以内设为柔性配体搜寻空间 (required):--center_x arg        X中心坐标--center_y arg        Y中心坐标--center_z arg        Z中心坐标--size_x arg          X尺寸大小 (Angstroms)--size_y arg          Y尺寸大小 (Angstroms)--size_z arg          Z尺寸大小 (Angstroms)--autobox_ligand arg  自动创建盒子的配体--autobox_add arg     若为自动创建盒子，那么缓冲空间的数量，默认为+4--no_lig              无配体;对于取样/最小化柔性残基评分和最小化设置:--custom_scoring arg         自定义得分文件--score_only                 配体姿势得分--local_only                 使用盒子进行局部搜索 (可能需要附带使用 --minimize)--minimize                   能量最小化--randomize_only             生成随机姿势，避免空间位阻--minimize_iters arg (=0)    最陡下降法迭代数量，默认值是无法收敛的，我用的ahr为5000，可以用gmx等软件查看收敛系数--accurate_line              使用精确的线性搜索--minimize_early_term        S最小化搜索的终止能量 --approximation arg          使用的近似 (linear, spline, or exact)--factor arg                 近似因子: finer-grained效果较好--force_cap arg              最大允许力，低值对于最小化clashing结构更好--user_grid arg              用户计算若需要用到的格点文件Autodock map 文件--user_grid_lambda arg (=-1) 缩放user_grid和功能得分--print_terms                打印所有项目和默认值--print_atom_types           打印所有可用原子类型输出设置 (optional):-o [ --out ] arg      输出文件，格式根据后缀来--out_flex arg        对于柔性残基的输出文件--log arg             可设置的log文件--atom_terms arg      可设置的输出每个残基的联系值--atom_term_data      封装每个残基的联系值进入sd数据Misc (optional):--cpu arg                  使用的cpu数量，默认全使用--seed arg                 随机种子--exhaustiveness arg (=8)  用尽一切的全局搜索--num_modes arg (=9)      最大结合模式生成数量--energy_range arg (=3)   最好和最低结合之间的数值设置(kcal/mol)--min_rmsd_filter arg (=1) rmsd阈值-q [ --quiet ]             禁止输出消息--addH arg                 自动加氢（默认是执行的）--flex_hydrogens           开启氢键转角设置文件 (optional):--config arg          以上的设置可以放入这个文件信息 (optional):--help                展示帮助--help_hidden         展示包含隐藏设置的帮助--version             版本

参考

SMINA教程以CDPK1为例 https://kangsgo.cn/p/smina%E6%95%99%E7%A8%8B%E4%BB%A5cdpk1%E4%B8%BA%E4%BE%8B/
smina下载安装：https://sourceforge.net/projects/smina/files/
smina原作者提供的教程：http://bits.csb.pitt.edu/tdtCDPK1/summary.pdf
smina安装中文版：http://kangsgo.com/3.html
smina教程中文版：http://kangsgo.com/5.html
smina conda 安装：https://anaconda.org/bioconda/smina
zinc15数据库：https://zinc15.docking.org/
OpenBabel支持的文件格式一览：https://open-babel.readthedocs.io/en/latest/FileFormats/Overview.html
视频：https://www.bilibili.com/video/BV1Ta4y1H7yK/?spm_id_from=333.999.0.0