快速简单安装ANTs

步骤一

#使用下面命令下载ants
git clone git://github.com/ANTsX/ANTs.git

下载完成之后，找到ANTs/SuperBuild/External_ITKv5.cmake
将

  ### --- End Project specific additionsset(${proj}_REPOSITORY ${git_protocol}://github.com/stnava/ITK.git) #这句话的意思是说要从github下载ITK 我们要修改成为从gitee下载ITKset(${proj}_GIT_TAG e21a56d1227c5433066237060368cb4532b8a9d2)  # Adaptive denoising module 10/2/2020set(ITK_VERSION_ID ITK-5.2) ### NOTE: When updating GIT_TAG, also update ITK_VERSION_ID

修改为

  ### --- End Project specific additions#${git_protocol}://github.com/stnava/ITK.git=https://github.com/stnava/ITK.git#可以把VTK放到github 再从github放到giteeset(${proj}_REPOSITORY https://gitee.com/XXXX/itkv5.git) #从gitee下载ITKset(${proj}_GIT_TAG e21a56d1227c5433066237060368cb4532b8a9d2)  # Adaptive denoising module 10/2/2020set(ITK_VERSION_ID ITK-5.2) ### NOTE: When updating GIT_TAG, also update ITK_VERSION_ID

步骤二

mkdir ANTs
#再将ants源码放进去
cd ANTs
mkdir build
cd build
#bin文件夹用存放编译生成的一些二进制文件
mkdir bin
ccmake /home/jack/software/ANTS/ANTs

按下键盘的c

BUILD_SHARED_LIBS修改为on
#CMAKE_INSTALL_PREFIX表示要存放二进制路径
CMAKE_INSTALL_PREFIX修改为/home/jack/software/ANTS/build/bin

再次按下键盘的c，之后按下键盘中的g

#然后执行下面这条命令
make -j12

可能会因为网络的原因，有些文件无法下载，导致编译报错，一直执行上面那条命令即可

编译过程中还会出现另外一个错误

解决方法是将网址
http://slicer.kitware.com/midas3/api/rest?method=midas.bitstream.download&checksum=5dca76db8ec2f8430896a8192bb18bda
复制到浏览器

把下载下来的文件放到
/home/jack/software/ANTS/build/ANTS-build/ExternalData/Objects/MD5

步骤三

cd ANTS-build
make install
gedit ~/.bashrc
#在文件中添加下面语句
export ANTSPATH="/home/jack/software/ANTS/build/bin/bin"
export PATH="$ANTSPATH:$PATH"
#不能export PATH="/home/jack/software/ANTS/build/bin/bin:$PATH"
#ANTS不允许一步到位
#最后在终端上输入下面命令
#source ~/.bashrc

验证

#在终端上输入
antsRegistrationSyN.sh

安装成功的标志

如果想在服务器上布置ANTS 可以把/home/jack/software/ANTS/build都拷贝到服务器上
再到~/.bashrc配置

这告诉我们，一些软件可以在电脑上编译，再复制到服务器上
因为服务器有些操作进行不了

ANTS的使用可以参考
医学图像配准软件 ANTs（Advanced Normalization Tools）的安装和使用说明

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快速简单安装ANTs

步骤一

步骤二

步骤三

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