Amberparmchk2 | 查找缺失的力场参数

parmchk2

A program that analyzes an input force field library file (mol2 or amber prep), and extracts relevant parameters into an frcmod file
parmchk2程序将会检查力场文件中哪些参数是需要的，并且将这些新的参数输出到一个frcmod的文件中.

parmchk2读取ac/mol2/prepi/prepc文件，原子类型相似性索引文件（默认为$AMBERHOME-/dat/antechamber/PARMCHK.dat）以及力场文件（默认为$AMBERHOME/dat/leap/parm/-gaff.dat）。

它写入一个力场修改（frcmod）文件，其中包含分子所需但力场（*.dat）文件未提供的任何力场参数。有问题的参数（如果有的话）在frcmod文件中用注释“ATTN，need revision”表示，通常给出零值。这可能会导致程序的致命终止，以后使用生成的prmtop文件；

例如，在许多情况下，二面角参数的扭转势垒的周期性的零值将是致命的。对于每种原子类型，原子类型对应文件（ATCOR.DAT）列出了其可替换的通用原子类型。默认情况下，只有缺失的参数被写入frcmod文件。当“-a”开关的值为“Y”时，parmchk2会打印输入分子使用的所有力场参数，无论它们是否已经在parm文件中。该文件可用于准备使用sander进行热力学积分计算所使用的frcmod文件。

与仅检查多个替换以查找缺失的力场参数的parmchk不同，par

Amberparmchk2 | 查找缺失的力场参数相关推荐

lammps教程：推荐一个LJ力场参数查询及参数转换网站
使用lammps模拟时经常会用到LJ力场参数,这些参数可从已发表的文献中查到,但是查找起来相对麻烦,可能需要查阅很多篇论文才能找到需要的参数. 推荐一个LJ参数查询网站: http://lammpst ...
[分子动力学模拟资料]几种常用力场参数网站及LJ参数计算
原创一直陪着你的 LAMMPS交流站我们在使用分子动力学模拟时,常常需要力场参数或势函数文件,本文就推荐几个常用的EAM势＼MEAM势及LJ势的力场参数网站,欢迎大家补充. 力场参数常用网站 ...
lammps案例：Coreshell核壳模型模拟原理及力场参数设置
大家好,我是小马老师. 本文介绍lammps模拟核壳模型的模拟参数设置. 在模型中,一个原子被分成两部分:核(core)和壳(shell),核壳模型最早出自B.G.Dick Jr. and A.W. ...
linux中find查找命令的mtime参数使用方法说明
mtime的含义 mtime查询的是文件last modified时间,其中最让人迷惑的就是参数 +N . N . -N 三个参数的意义了. 实例讲解 N * 24 +1 内表示 1 * 24 +24 ...
【Houdini】如何查找HDA面板下参数对应的节点
经常看别人做的HDA时一头雾水,找不到参数面板上参数对应的节点,不能更快的理解本人的思路.其实通过Dependencies可以索引到.
lammps教程：lj/cut/coul力场参数设置详解
本文介绍lj/cut/coul/cut以及lj/cut/coul/long力场的区别和用法. 前面一篇文章介绍了LJ势的用法,普通的LJ势只考虑原子之间的吸引力与排斥力,没有考虑原子之间电荷作用. 如 ...
python 实现在excel表格中插入查找缺失的日期序列
import pandas as pd data = pd.read_excel('C:\\Users\\Thinkpad\\Desktop\\温度.xls') #打开表格 #根据设计编号进行分组求和 ...
OPLSAA力场参数之快速建模—MS+Moltemplate
关注 M r . m a t e r i a l , \color{Violet} \rm Mr.material\ , Mr.material , 更 \color{red}{更} 更多 \col ...
查找缺失的DLL工具Dependency Walker
最近处理64位软件在32位的编译问题,遇到了一些dll加载不到(32位程序找不到对应的32位dll)导致程序启动不起来的情况,最后借助了工具Dependency Walker把问题找出来了,这里记录一 ...

Amberparmchk2 | 查找缺失的力场参数

parmchk2

Amberparmchk2 | 查找缺失的力场参数相关推荐

最新文章

热门文章