使用EPIC预测肿瘤微环境中免疫细胞构成

2024-06-01 10:49:47

欢迎关注”生信修炼手册”!

在传统的RNA_seq测序中，每个样本取样后实际包含了成千上万个细胞，和单细胞测序的single cell相比，这样的样本称之为bulk samples。在bulk samples的这么多细胞中，可能包含来自多个细胞亚群。

在肿瘤组织中，由于肿瘤微环境中各种细胞的浸润，其RNA_seq的样本中必然存在了肿瘤细胞，浸润的免疫细胞等多种细胞亚群。为了准确的评估肿瘤微环境中免疫细胞的构成，科学家做了很多努力，EPIC就是一款利用肿瘤样本RNA_seq表达谱数据评估样本免疫细胞构成的软件，对应的文章链接如下

https://elifesciences.org/articles/26476

该软件封装成了R包，网址如下

https://github.com/GfellerLab/EPIC

同时提供了在线服务，网址如下

https://gfellerlab.shinyapps.io/EPIC_1-1/

只需要上传肿瘤样本的表达谱数据即可，示意如下

上传文件的内容示意如下

每行代表一个基因，每一列代表一个样本，结果分成以下两个部分

1. 表格数据

给出了每个样本中各个细胞亚群的比例，示意如下

2. 可视化结果

用柱状图的形式展示各个样本细胞组分，结果示意如下

用热图的形式展示各个样本细胞组分，结果示意如下

用箱体图的形式，展示每种细胞亚群的分布，结果示意如下

通过EPIC可以预测和比较肿瘤样本的免疫细胞浸润情况，操作简便。

·end·

—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—

扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！

使用EPIC预测肿瘤微环境中免疫细胞构成相关推荐

学位论文精读-hBMSCs在肿瘤微环境中分泌IL-6并上调IL-17水平协同促进DLBCL生长的研究
摘要弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)是最常见的非霍奇金淋巴瘤亚型,是一种侵袭性淋巴瘤.虽然近年来一线的化疗方案R-CHOP(利妥昔单抗.环磷酰胺.多柔比星.长春新碱和强的松)改善DLBCL患者的预后 ...
文献集锦 | 非因空间多组学技术在胰腺癌肿瘤微环境中的研究策略
胰腺导管腺癌(PDAC)仍然是一种难治性疾病,5年总生存率(OS)仅不到9%,且诊断时多为晚期,治疗手段有限,除了传统的手术切除.放化疗之外,目前越来越多采用新辅助治疗的方法.利用空间组学分析平台深入 ...
R包estimate评估肿瘤组织中基质及免疫细胞浸润水平
根据表达数据,ESTIMATE为研究人员提供了肿瘤纯度.存在的基质细胞水平和肿瘤组织中免疫细胞浸润水平的分数.https://bioinformatics.mdanderson.org/estimat ...
cellassign：用于肿瘤微环境分析的单细胞注释工具（9月Nature）
作者:苑晓梅责编:SXY 单细胞测序对许多复杂组织重新进行分解分析,打破了我们对细胞类型的固有认知.通常情况下,研究人员首先通过无监督聚类,获得细胞簇,然后根据Marker基因手动注释每个簇可能的细 ...
MCE | 肿瘤微环境在癌症中的作用
在过去数十年中,通过使用免疫疗法.靶向疗法和联合方案,癌症治疗领域取得了很大的进步.但这些治疗方案中的绝大多数最终都无法治愈患者,甚至对治疗有显著初始反应的肿瘤也经常复发为耐药恶性肿瘤.另一方面,越来 ...
写一篇4000字左右的综述，题目为《单细胞测序技术在头颈部鳞癌中的应用价值》，主要包括的内容有：单细胞图谱类研究，肿瘤异质性研究，治疗反应研究，肿瘤微环境研究。...
单细胞测序技术在头颈部鳞癌中的应用价值综述近年来,单细胞测序技术的发展为头颈部鳞癌的治疗和研究提供了新的方法.单细胞测序技术具有解析肿瘤基因组结构和功能的潜力,可以更好地理解头颈部鳞癌的致病机制,并为 ...
Nature Reviews Cancer综述：长非编码RNA在肿瘤转移中的作用
近年来,虽然癌症的诊断和治疗取得了长足进步,但转移性癌症患者的预后仍然很差,转移性疾病占癌症相关死亡的绝大多数.癌细胞从原发性肿瘤向远处器官的扩散是一个有序的.多步骤过程,称为侵袭转移级联反应.在过去 ...
非因解读 | 利用DSP技术绘制非小细胞肺癌(NSCLC)肿瘤微环境图谱
探索肿瘤微环境(TME)有助于了解潜在的肿瘤-免疫相互作用.如何在有限样本上实现高通量.高精度多组学分析已成为未来肿瘤微环境研究的重要方向,而多重免疫组化(mIHC)技术与分子条形码技术的结合将会更好 ...
如何研究肿瘤微环境？这篇文章告诉你怎么做
导语: 肿瘤微环境(Tumor microenvironment, TME),即肿瘤细胞产生和生活的内部环境是一个复杂的综合系统,不仅包括肿瘤细胞本身.炎症/免疫细胞等细胞成分,还包括细胞外基质(EC ...

最新文章

热门文章