linux ftp下载geo,利用GEOquery下载GEO文件的各种方法
有时候网页上没有矩阵信息的时候,需要我们自己下载原始的CEL文件。下载网页上的CEL文件代码
getGEOSuppFiles("GSE46106") ##下载原始数据
setwd("GSE46106/") ##进入下载目录
dir() ##查看文件内容
untar("GSE46106_RAW.tar") ##解压文件
files
sapply(files, gunzip) ##合并文件
filelist
##统一处理CEL文件
library(affy)
library(annotate)
data
affydb
require(affydb, character.only=TRUE)
eset
eset.e
library(annaffy)
symbols
genes
##一般而言芯片的矩阵是需要过滤的。可以利用下面的代码会更加严格一些
setwd('../')
library(affy)
dir_cels='GSE34824_RAW'
data
eset
calls
calls
absent
samples
absent
rmaFiltered
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