SRA数据库的各种编号

S R A 数据库，最初的命名为Short Read Archive，现已改为SequenceRead Archive。

SRA 数据库的组织架构
1，meta 数据是指与测序实验及其实验样品相关的数据，如实验目的、实验设计、测序平台、样本数据(物种，菌株，个体表型等)，在SRA数据库中，meta数据分如下层次来存储：
(1)研究课题(study)。在 SRA 数据库中，研究课题的检索号(accession number)以前缀 DRP， ERP 或S R P 开头。
(2)样本信息(sample)。样本的检索号以前缀 DRS， ERS 或 SRS开头。样本信息可以包括物种信息、菌株(品系)信息、家系信息、表型数据、临床数据，组织类型等。

(3)实验信息(experiment)。实验的检索号以前缀DRX， ERX 或 SRX 开头。实验是 SRA 数据库的最基本单元，就像 PubMed 数据库的每一篇文献是 PubMed数据库的基本单元一样。一个实验隶属于某个研究课题，对一个或多个样本进行测序，产生的测序数据以 r u n s 的形式存储于 S R A 。

2，序列数据
包括序列及其质量信息等，在 SRA 数据库中以run 为单元存储。 run 的检索号以前缀 DRR， ERR 或SRR 开头。

3， S R A 数据库中的测序数据来自四个测序平台

分别为： Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。

SRA数据库的各种编号相关推荐

SRA数据库的各种编号（DRP， ERP 或SRP）
S R A 数据库, 最初的命名为Short Read Archive,现已改为SequenceRead Archive. SRA 数据库的组织架构 1,meta 数据是指与测序实验及其实验样品相关的 ...
NCBI中SRA数据库简介
NCBI中SRA数据库简介 SRA数据库简介 SRA 数据库, 为Sequence Read Archive 的缩写.主要存储高通量测序的数据,来自四个测序平台,分别为: Roche_LS454,Il ...
GEO/SRA数据库
关于GEO/SRA数据库 GEO数据库 GEO数据库隶属于NCBI,是最大最全面的基因表达数据库,主要是芯片和转录组测序数据.除储存数据外,也提供一些数据挖掘工具,因此利用好这个数据库,没有实验,没有 ...
从NCBI当中SRA数据库中下载高通量测序数据
从NCBI当中SRA数据库中下载高通量测序数据 NCBI sra 数据下载用迅雷替代官方的prefetch批量下载SRA测序数据,更快更稳定! 用别人的数据,发自己的文章由于大多数杂志在文章发表前 ...
NCBI SRA数据库使用详解
转:https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下载SRA http://ww ...
【数据库】SRA数据库介绍及数据下载
[数据库]SRA数据库介绍及数据下载生信技术 2021-10-06 11:00 以下文章来源于生信Alpha ,作者BioinfoPenn 生信Alpha. 生物信息.生物统计.Linux系统.sh ...
SRA数据库及linux本地下载
目录一.SRA数据库二.SRA数据库下载 1.SRA Toolkit下载数据 1.1. 下载压缩包 1.2. 解压及配置环境 1.3.下载.sra文件以及转换.fastq文件 2.wget, cu ...
linux下载sra数据库,NCBI SRA数据库使用详解
做为一个合格的生物信息菜鸟,没钱测序咋整,免不了到处求数据呀找数据.....练好基本功必须先从找数据开始!今天小编就来介绍一下一个存储大量高通量数据的的数据库-SRA. 1.简介 SRA(Sequen ...
linux下载sra数据库,NCBI-SRA数据下载的3种方法
SRA 数据库, 为Sequence Read Archive 的缩写.主要存储高通量测序的原始数据,来自四个测序平台,分别为:Roche_LS454,Illumina,ABI_SOLID和HELIC ...

SRA数据库的各种编号

SRA数据库的各种编号相关推荐

最新文章

热门文章