定义原子/体系某些信息的计算(一)

这里只介绍一个命令:compute

这个命令可以帮助你计算你所想知道的原子/体系信息,例如:

compute 1 allpe/atom

表示计算每个原子的势能

compute 1 allporperty/atom fx fy fz

表示计算每个原子在x,y以及z方向上所受到的力

以之前介绍的简单弛豫的动态模拟为例:


在命令dump 1 all custom 100 W.xyz id type x y z 后面加上c_1(表示输出计算的原子势能):

dump 1 all custom 100 W.xyz id type x y z c_1

c为compute的缩写,1为这个compute的代号,

若写为compute x all pe/atom

则输出的写为c_x

将得到的W.xyz文件导入ovito软件中,然后在Add Modification中选择Color coding,然后在图示中的input property选项中选择c_1即可得被原子势能涂色的示意图:
注:最好每换一帧记得点击一下Adjust range

LAMMPS学习系列(7)相关推荐

  1. LAMMPS学习系列(1)

    LAMMPS学习系列(1) LAMMPS模拟软件的功能有很多: 微观结构演化 结构优化 过渡态搜索 热导率计算 等等(太多了,有兴趣的可自行百度)..... 其中它最常用的功能就是模拟微观结构的演化, ...

  2. LAMMPS学习系列(8)

    定义输出原子/体系(热力学)信息(一) 今天介绍下LAMMPS软件输入文件in文件中的倒数第二个部分: 定义输出原子/体系(热力学)的信息 先介绍涉及体系热力学信息的命令:thermo 以及therm ...

  3. LAMMPS学习系列(14)

    实例二(1)由于分子动力学的结果一般要经过多次模拟,再进行统计分析,所以为了简化我们交作业时的繁杂过程,在正式介绍实例二之前,这里先介绍一个LAMMPS中常用的循环计算方法(辅助命令variable, ...

  4. LAMMPS学习系列(10)

    模拟环境设定 今天介绍LAMMPS软件输入文件中的最后一个部分:模拟环境设定 这部分主要涉及四个命令:velocity:fix:timestep:run velocity命令: 由于是分子动力学模拟, ...

  5. 数据结构学习系列文章合集

    数据结构学习系列文章目录 前言 1.稀疏数组和队列 稀疏数组和二位数组的转换 数组队列的实现 环形队列的介绍与实现 2.链表 单链表的增.删.改.查 总结 前言 学习数据结构记录,作为自己的笔记,同时 ...

  6. OpenCV学习系列教程第五篇:测试和提高代码的效率

    Opencv-Python学习系列教程第五篇 来自opencv-python官方学习文档,本人谨做翻译和注释,以及一些自己的理解 本文由作者翻译并进行代码验证,转载请注明出处~ 官方文档请参阅:htt ...

  7. Python学习系列(六)(模块)

    Python学习系列(六)(模块) Python学习系列(五)(文件操作及其字典) 一,模块的基本介绍 1,import引入其他标准模块 标准库:Python标准安装包里的模块. 引入模块的几种方式: ...

  8. RabbitMQ学习系列二:.net 环境下 C#代码使用 RabbitMQ 消息队列

    上一篇已经讲了Rabbitmq如何在Windows平台安装,不懂请移步:RabbitMQ学习系列一:windows下安装RabbitMQ服务 一.理论: .net环境下,C#代码调用RabbitMQ消 ...

  9. Python学习系列(五)(文件操作及其字典)

    Python学习系列(五)(文件操作及其字典) Python学习系列(四)(列表及其函数) 一.文件操作 1,读文件      在以'r'读模式打开文件以后可以调用read函数一次性将文件内容全部读出 ...

  10. maven mybatis mysql_Java Web学习系列——Maven Web项目中集成使用Spring、MyBatis实现对MySQL的数据访问...

    标签: 本篇内容还是建立在上一篇Java Web学习系列--Maven Web项目中集成使用Spring基础之上,对之前的Maven Web项目进行升级改造,实现对MySQL的数据访问. 添加依赖Ja ...

最新文章

  1. jittor和pytorch生成网络对比之wgan_div
  2. webloigc12服务启动不了_一键启动知多少!
  3. 【MySQL】mysql 远程连接111
  4. 杭州 | PMCAFF 产品经理第一课,面向3-5年产品经理,全面提升产品战略能力
  5. 【译】Blockchain-based Machine Learning Marketplaces
  6. 走线画直线_画画教程,只用1支铅笔,教你画一幅毛绒小熊
  7. 文字超出两行 则显示。。。
  8. 五、CPU详解、寄存器详解、标志寄存器详解
  9. 笔记本html连接电视机黑屏是怎么回事,电脑连接电视黑屏是怎么回事
  10. 【 Educational Codeforces Round 51 (Rated for Div. 2) F】The Shortest Statement
  11. Ubuntu下搭建JavaEE开发环境
  12. java工程中的相关路径
  13. ctr预估之特征工程
  14. 软件工程 | 第三章 需求分析
  15. java qq音乐接口 api,QQ音乐的各种相关API
  16. python抓取豆瓣妹子图片并上传到七牛
  17. word如何翻译成中文?Word翻译成中文的方法分享
  18. C语言正弦和余弦的值
  19. 高数 极限存在、连续、有界、可积、可导/可微之间的关系
  20. 微信小程序实现人脸识别注册登录

热门文章

  1. python matpltlib实践——画直方图、折线图
  2. 通过 BT 种子 info_hash 值下载种子又一法
  3. 七牛云存储之文件上传(Android)
  4. php curl 模拟微信公众号登入
  5. 惠普计算机如何改启动,惠普台式电脑u盘启动BIOS怎么设置
  6. python写梦幻西游手游脚本_AirtestIDE实践一:梦幻西游手游师门任务自动化
  7. 方法重写和重载的规则
  8. 利用信息差赚美金?对!你没看错!
  9. c语言矩形法e3x x7,矩形法(梯形法)求定积分的方法
  10. 大数据-Kafka容错性