R语言作图—— Bubble Matrix(气泡矩阵图)

原创：黄小仙

又是一个好久不见，朋友们你们最近还好吗！最近小仙同学刚经历了人生中的一个重要的里程碑——延毕。在预料之中、又如期而至的两个字，小仙心里也是很复杂，可终究跟“毕业”二字沾了边，就当它是好事啦！

今天要给大家介绍的是气泡矩阵图，要模仿的图形如下。小仙同学一直有一个困惑：什么样的数据应该画什么类型的图，才能精确地展示数据表达出自己的意思？
对于气泡矩阵图，小仙有同样的困惑。研究了一下，也只能理解个大概，暂且认为就是坐标轴相同的两种数据集可以用一张气泡矩阵图来展示，气泡的大小和颜色可呈现两种不同的信息。

Step1. 绘图数据的准备
首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。

Step2. 绘图数据的读取

data<-read.csv(“your file path”, header = T)
#注释：header=T表示数据中的第一行是列名，如果没有列名就用header=F

Step3.绘图所需package的安装、调用

library(reshape2)
library(ggplot2)
#注释：package使用之前需要调用

Step4.绘图

data_melt<-melt (data)
names(data_melt) = c('Gene', 'Cell', 'Value')
#注释：melt()函数把表格中的宽数据变成长数据
p<-ggplot(data_melt, aes(x = Gene, y = Cell, size = Value, color=Cell)) + geom_point()

Step5.美化

p<-ggplot(data_melt, aes(x = Gene, y = Cell, size = Value, color=Cell)) + geom_point()+theme(panel.background = element_blank(),panel.grid.major = element_line(colour = "gray"),panel.border = element_rect(colour="black",fill=NA))

(公众号：生信了)

R语言作图—— Bubble Matrix(气泡矩阵图)相关推荐

R语言作图——Pie chart(饼图)
原创:黄小仙今天要给大家介绍的Pie chart(饼图),本来是不打算写这个的,因为用Excel画饼图实在是太方便了.本着能少动一下是一下的懒人原则,是不打算用R画的,再说,本小仙不是掌握了R作图大 ...
R语言作图——Split violin plot
原创:黄小仙最近小仙同学在好几篇文献里看到了这种小提琴图,暂时就肤浅地认为这是作者为了更好地比较对照组与实验组的差别,所以将同一个基因的小提琴图各画了一半,放在一起.为了跟上可视化的潮流,小仙也来尝 ...
R语言绘制气泡矩阵图
R语言绘制气泡矩阵图示例图之前在一些文章中看到过气泡矩阵的表达方法,该图形表达的意思就是不同样本中不同物种的丰度分布情况,气泡越大则是代表物种的相对丰度(或者说16S得到的绝对丰度)越大,在这个例 ...
R语言自定义多分类混淆矩阵可视化函数（mutlti class confusion matrix）、R语言多分类混淆矩阵可视化
R语言自定义多分类混淆矩阵可视化函数(mutlti class confusion matrix).R语言多分类混淆矩阵可视化目录
R语言使用单个向量创建矩阵数据、通过byrow参数指定从向量转化为矩阵的过程中的数据排布方式
R语言使用单个向量创建矩阵数据.通过byrow参数指定从向量转化为矩阵的过程中的数据排布方式目录 R语言使用单个向量创建矩阵数据.通过byrow参数指定从向量转化为矩阵的过程中的数据排布方式 R语言 ...
R语言ggsurv生存曲线一页多图的实现
R语言ggsurv生存曲线一页多图的实现 Problem Solution Problem You want to put multiple graphs on one page. Solution ...
R语言中主要的颜色对照图
R语言作图,颜色的选择是比较头疼的事情,以下向大家分享R语言中主要的几百种颜色对照图.
R语言作图：数学公式
在使用R语言作图时,有时需要在图上标注诸如求和.积分.上下标等数学符号,该操作可以通过expression函数完成. expression(...) 括号中输入数学表达式,配合plot.text.ti ...
R语言作图——Circular bar plot(环形柱状图)
原创:黄小仙不知不觉,距离小仙上次发文已经过去五个多月了.R语言作图系列的更新频率跟理想中的一月一次差别有点忒大了,不得不让小仙陷入深深的反思,对于时间的规划也有了一些新的感悟. 不知道大家有没有跟 ...

R语言作图—— Bubble Matrix(气泡矩阵图)

R语言作图—— Bubble Matrix(气泡矩阵图)相关推荐

最新文章

热门文章