【dMRI】desktop docker配置FSL工具链环境
1、自动下载并启动
docker run --rm -it -v "D:/USC/LONI-student-worker/FSL_workshop":/usr/src/app diannepat/fsl6 /bin/bash
该image很大,约13G,如果没修改docker desktop路径的话会自动下载到C盘,需注意磁盘空间使用情况
设置为stop container后会自动删除,但因为设置了路径映射,在/usr/src/app下产生的文件会保存在设置的Windows路径下,不用担心文件丢失
2、查看版本
flirt -version
3、这个docker image没有pip
安装python3.7 和pip3
apt-get update && apt-get -y install python3.7 python3-pip
查看是否安装
python3 -V
pip3 -V
不知为何测试出来是python3.6,但也没关系了
3、一个很好的dwi教程
https://carpentries-incubator.github.io/SDC-BIDS-dMRI/
他们的github链接
https://github.com/carpentries-incubator/SDC-BIDS-dMRI
可以git下来,安装requirement.txt的python包,用osf下载一个数据,然后跟着教程玩耍即可
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