Vector NTI Advance 11.5.1 序列综合分析生物工程学使用教程

软件特色

从AlignX出口分子

在文本窗格中选定的分子可以出口到GenBank、EMBL(GenPept蛋白质)(SWISS-PROT蛋白质)，或为原序列fasta文件。若要将分子导出到外部文件，请选择项目>导出分子，并在“文件保存”对话框中选择文件类型。

得分矩阵-- AlignX

设计成对序列比对评估的所有算法都是基于将分数分配给对齐残基的系统，检测不同序列之间的相似性。众所周知，某些氨基酸在其他相关蛋白质中很容易被其他氨基酸取代，这可能是因为它们具有相似的理化性质。根据氨基酸被替换为原始残基的相似性，这些“替换”被分配在矩阵中显示的分数。在对齐分数上相同或相似的残留物比那些不太相似的残留物高

比对pcr分析报告

当搜索完成时，如果您在结果选项卡上检查了生成报告选项，则对齐PCR报告预览窗口显示分析结果。比对PCR分析报告对话框的外观和功能类似于多重PCR分析报告对话框。

关于点阵

点阵分析主要是比较两个序列来寻找所有可能的残基匹配的方法。该方法还可用于蛋白质和DNA序列中的直接或反向重复序列。它可以预测RNA中自我互补的区域，从而形成双链区或二级结构。

分析bioannotator

bioannotator是一套全面的蛋白质和核酸序列分析工具，超过五十种不同的预定义的蛋白表与特征映射和序列提供。bioannotator还提供以下先进的搜索和分析工具，它是运行在分析监控：PROSITE，Pfam，块和蛋白水解裂解。

通过Web执行分析

Vector NTI使得它很容易把你的alignx数据直接到公共网站已经建立了一个分子的三维结构，比较它与其他分子，特定功能的搜索，或进行基因预测，等等。

主要功能

分析GenomBench

genombench是Vector NTI提前的基因组项目的主力。genombench可以容纳一个碱基的基因组片段，可以检索从兼容的系统兼容的服务器上的数据，例如UCSC和Ensembl。它提供了浏览和查询这些网站使用关键词，界面两侧标记，BLAT(UCSC数据库)或SSAHA(的)。genombench还提供以下先进的搜索和分析工具，它是运行在分析监控

对分子序列的操作

我们以一个DNA序列为例，进行一系列的常规分析;最后将此DNA序列翻译成氨基酸序列，并对此氨基酸序列进行各种分析。

对齐显示设置——Consensus Calculation Tab

一致性序列是一个理论上有代表性的核苷酸序列，其中每个核苷酸代表在同一位点上在同一位点上经常看到的残基，或由其他标准选择。“对齐设置”对话框中的“一致性计算”选项卡指定如何以对齐方式计算对齐窗格中作为底部序列的一致序列。

以点击作为特征输出查询分子

当您导出查询显示为特征的分子打成。GFF文件，使用点击功能GFF文件命令导出查询分子保存。GFF文件到外部位置(硬盘、软盘、网络等)。你可以打开一个。在一个Vector NTI分子视窗GFF文件并将其保存到Vector NTI数据库，如果需要的话。。GFF文件提供一个共享查询爆破方法打信息与其他Vector NTI用户分子格式。

模拟电泳

模拟电泳是指对DNA片段进行酶切分析后，通过电脑模拟电泳过程，将酶切片段分离。该功能有利于评估电泳时间，便于验证实际电泳结果的好坏。

使用说明

1.登录Vector NTI

安装后首次登录，系统将提示是否允许填充空库，点OK。这样DNA molecules, proteins, enzymes, oligos, and gel markers将组成NTI的数据库。并出现下列两个窗口。

2. 观察出现的 Vector NTI 工作窗口和 Database Explorer窗口

上面的第一个窗口为工作窗口，由菜单栏和工具条两栏，移动鼠标到工具栏任意选项处，鼠标自动显示每个工具条的功能。

第二个窗口为exlporing——local vector NTI database,显示的是上次打开的DNA/RNA或蛋白分子。

3. Create a Display Window for pBR322

激活exlporing——local vector NTI database窗口中的DNA/RNA Molecules (MAIN) 数据库，找到pBR322分子并双击打开。显示如下窗口：

4. 观察 pBR322 显示窗口

上面的窗口由文本区(对分子信息的文字描述，双击文件夹可以看到)、图形区(标住限制性内切酶位点等)和序列区(全序列及酶切位点)三个部分组成。

5. 显示窗口的管理(通过拖拉标尺，改变窗口、或每个显示区的相对大小)

6. 转换 pBR322’s 图形区：在工具栏左边的active pane右侧有三个按钮，用鼠标点当中那个(graphics pane)

7. 对 pBR322’s 结构图进行操作：用户可以尝试点击、、，此时图形的大小会发生变化。选区设定：菜单Edit——>set selection,输入100bp–1000bp,然后OK.可以看到选取在图形中用扇型框圈了起来.将鼠标移到选取的5’端,可以看到,通过拖拉可以延长或缩短选区范围,同样

在3’端也能做到。如果用户一次只想移动一个碱基用直接拖拉就可能不方便，假如用户想在5’端移动一个碱基，首先将鼠标放到处，然后按住shift和键盘右侧的——>或<——箭头，则按一次箭头移动一个碱基距离。如果一次想移动10个碱基，则同时按住shift+ctrl+箭头。如果用户只是粗略选择，可以直接将鼠标移到图中，用十字花拖动。将鼠标移到图的TCr处，此时鼠标箭头变成，并显示TCr代表的含义，如果用户此时按下鼠标，则TCr的编码区将被选中。

8. 检查 pBR322’s nucleotide 序列

移动标尺，尽可能将更多的PBR322序列显示出来，并点击序列中任何一处。现在对序列显示的样式进行设定：点击(Display Setup)按钮，显示molecular display setup对话框：

用户可以对序列的颜色、大小、10个一组显示还是15个一组(默认是10个碱基一组)，结构图的颜色、限制酶切图谱(注意刚开始显示的PBR322上限制酶并不多)、ORF、Motif等进行设置。现在我们打算把序列字体的颜色由黑色变成绿色，显示全部PBR322的酶切图。操作如下：在刚才的窗口中点restriction map下面的RMap setup按钮，在出现的对话框中点Add,再在出现的对话框中点select all，然后OK。点sequence下面的sequence setup,可以看到序列长度的设置等，在color栏中选green,一路点OK。

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