pydicom提取DICOM胸片图像

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pip install pydicom
# 如果提示缺乏pylibjpeg等组件请执行代码安装扩展
pip install pylibjpeg
pip install pylibjpeg-libjpeg
pip install gdcm

Code

import pydicom
import numpy as np
# 使用PIL.Image提取出来的图片会很暗
from matplotlib import pyplot as plt
import os
# dicom文件路径
dicom_path = './1.dicom'
# png图片提取路径
png_path = './png'if __name__ == "__main__":# 读取dicom文件ds = pydicom.dcmread(dicom_path)# 当数据维度大于2，证明有多张图片，当前文件是单通道的图if len(ds.pixel_array.shape) > 2:# 循环提取图片for index in range(int(ds.pixel_array.shape[0])):# 根据dicom文件的BitAllocation显示16,代表是16位图像img = np.asarray(ds.pixel_array[index], dtype='uint16')img_upload_path = os.path.join(png_path, str(index) + ".png")# cmap参数是重点，选择plt.cm.bone，胸片显示才会正常plt.imsave(img_upload_path, img, cmap=plt.cm.bone)else:# 单图img = np.asarray(ds.pixel_array, dtype='uint16')img_upload_path = os.path.join(png_path, "0.png")plt.imsave(img_upload_path, img, cmap=plt.cm.bone)

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