Prodigal基因预测

在做完宏基因组组装这一步后，接下来要进行基因预测。orf预测的软件有很多，比如MetaGene用的很多，但是这个软件输出结果单一，只有一个文件。后续的orf序列提取和翻译需要自己写脚本完成。因此我选择了Prodigal这个软件，Prodigal预测结果文件十分丰富，包括orf的核酸序列文件、氨基酸序列文件、gff文件等，需要注意的是用于宏基因组orf预测的时候得加-p meta参数。

Prodigal(Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm)用于原核微生物基因组和宏基因组的基因预测。更多信息见：https://github.com/hyattpd/Prodigal/wiki/introduction

软件安装

wget https://codeload.github.com/hyattpd/Prodigal/tar.gz/v2.60
tar -zxvf Prodigal-2.6.1.tar.gz
make install

安装完后输入prodigal -v，出现如下帮助文档则安装成功。

软件使用

prodigal的使用非常简单，只需一步即可，直接敲prodigal命令就会弹出软件帮助信息。

-a 是输出氨基酸文件-c 不允许基因一边断开，也就是要求完整的orf，有起始和终止结构
-d 输出预测基因的序列文件
-f 选择输出文件格式，有gbk,gff,和sco格式可供选择
-g 指定密码子，原核为第11套
-i 输入文件，即需要预测的基因组序列文件
-m 屏蔽基因组中的N碱基
-o 输出文件，默认为屏幕输出
-p 选择方式，是单菌还是meta样品
-q 不输错错误信息到屏幕
-t 指定训练集
-s 输出所有潜在基因以及分值到一个文件中

cd prodigal/
prodigal -p meta -a protein_seq.fasta -m -d nucleotide_seq.fasta -o genes.gff -f gff -s poteintial.stat -i /data1/jl/megahit/CP1S1/final.contigs.fa

提醒下如果是宏基因组数据记得加上-p mate参数；软件运行速度很快，结束后会生成如下四个文件：

我们打开其中nucleotide_seq.fasta查看一下输出文件的样子
less nucleotide_seq.fasta

Prodigal基因预测相关推荐

反向非归零编码_（宏）基因组编码基因预测
基因预测是指通过对组装的基因组序列进行分析,根据已知生物的基因结构知识或数据库序列来识别其所包含的基因等功能区域.编码基因预测,就是识别基因组序列上所包含的蛋白质编码区域(Coding sequenc ...
Prodigal-原核生物基因预测
文章目录 Prokaryotic gene feature What is Prodigal? Installing Prodigal Installing on Mac OS X Installin ...
基因数据分析主流软件与基因预测方法步骤-搬运工
源自:http://www.bbioo.com/lifesciences/40-114214-1.html 1. 基因数目预测的主流软件 GENSCAN就是一个经典的基因预测软件.1996年由MIT的 ...
动物miRNA靶基因本地预测（三）—— 靶基因预测与结果分析
前两篇介绍了4种靶基因预测软件的下载与安装,以及数据的准备过程.本篇将正式开始进行靶基因的预测, 并对4种个软件的结果进行整理,最终得到4软件结果的交集. 靶基因预测 1.miRanda mirand ...
生信自学笔记（十二）：基因组序列与基因预测
基因组在生物学中,一个生物体的基因组是指包含在该生物的DNA(部分病毒是RNA)中的全部遗传信息,或者说是一套染色体中完整的DNA序列. 对于单倍体细胞,基因组是指编码序列和非编码序列在内的全部DN ...
microRNA靶基因预测
microRNA靶基因预测 1 miRNA背景介绍 2 序列互补性 3 序列保守性及其它因素 1 miRNA背景介绍 microRNA(miRNA)是一类长22 nt左右的内源非编码小RNA,广泛存在 ...
基因预测软件：【BRAKER2】软件的安装
基因预测软件:[BRAKER2] 软件的安装 nym 2023-02-27 软件链接 https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER 一.软件介绍 BRAKER是Ge ...
输入序列就可以预测 - 在线版miRanda靶基因预测来了
miRNA靶基因预测是研究miRNA经常要进行的操作,经典的miRNA靶基因预测软件有miRanda,targetscan等.targetscan有在线版本,而miRanda一直没有在线版本,并且网站 ...
原核微生物基因组和宏基因组的基因预测软件——Prodigal的下载安装
Prodigal介绍网页 https://github.com/hyattpd/Prodigal/wiki/introduction 1.下载网址此为2.6.3版本的下载网址,其他版本可在https ...

Prodigal基因预测

Prodigal基因预测

Prodigal基因预测相关推荐

最新文章

热门文章