Gene Ontology overview 网页手动翻译
日志: 玩了一年多了,有点无聊,该干活了… 用谷歌直接翻译网页真的好多错误还不通顺,也不符合原来的逻辑,关键词都翻译地不对,怎么能正确理解呢,强迫症就自己翻译一下,不太懂的就查查资料,准确率应该还可以。
原网址: http://geneontology.org/docs/ontology-documentation/
Gene Ontology overview 基因功能分类体系概述
Ontology 是给定领域内知识体系的正式表示。
Ontology 通常由一系列class(类)和它们之间的关系构成。
The Gene Ontology(GO)从以下三个方面描述了生物领域的知识:
1. Molecular Function 分子功能
分子功能是由基因产物执行的分子水平的活动。(基因产物是基因表达过程中形成的RNA或蛋白质。基因表达产物的多少常用来衡量一个基因的表达活性,如果 一个基因的表达产物异常减少的话,这种基 因产物的数量异常往往预示着疾病基因的存在。)
“分子功能”这个术语描述了在分子水平发生的活动,例如“catalysis(催化)“或”tranport(运输)”。GO分子功能中的术语代表的是发生的活动而非执行活动的实体(比如分子或复合物),并且不会具体制定该活动发生的时间、位置和背景。
分子功能通常对应于单个基因产物(即一个RNA或蛋白质)可以进行的活动,但是也有些活动是由分子复合物(多个基因产物组成)执行的。广义的功能术语例如催化活性和运输活动,狭义的功能术语例如腺苷酸环化酶活性或Toll样受体结合。
为了避免基因产物的名字和其功能名字之间的混淆,GO在分子功能的名字后面通常都加一个后缀“activity"。(举例:a protein kinase would have the GO molecular function protein kinase activity. 蛋白激酶具有GO分子功能——蛋白激酶活性。)
2. Cellular Component 细胞组件
细胞组件是指基因产物在细胞结构中发挥功能的位置。要么是细胞区室(如线粒体),要么是稳定的大分子复合物(比如核糖体),它是细胞区室的一部分(如线粒体中就有核糖体)。
不像GO的其它方面,细胞组件类代表的不是过程,而是一个细胞的剖分。
3. Biological Process 生物过程
是指由多个分子活动完成的更大的过程,或称为“生物过程”。最常见的生物过程的例子是DNA修复或信号传递。更具体的术语例子是嘧啶核碱基生物合成过程和葡萄糖跨膜转运。
注意一个生物过程并不等同于一个pathway(这里我理解的是一个准确的生物活动表示),目前,GO并没有尝试去表示充分描述一个pathway所需的作用方式和依赖。
在一个GO注释的例子中,一种基因产物“细胞色素c”可以描述为:分子功能——氧化还原酶活性、生物过程——氧化磷酸化生物过程、细胞组件——细胞成分线粒体基质。
GO 词汇被设计为与物种无关,其术语适用于原核生物、真核生物、单细胞和多细胞生物。
GO类
GO类由定义、标签、唯一的标识和一些其他元素构成。(详细的内容链接http://geneontology.org/docs/GO-term-elements)
GO图
GO的结构可以用图来描述。在其中,每个GO术语是一个节点,节点之间的边代表了术语之间的关系。GO图具有不严格的层次结构,孩子节点比它们的父节点更加细化,与严格的层次结构不同的是,GO图中的一个节点可能拥有多个父节点(但是,父子关系并不适用于所有类型的关系)。
例如,生物过程 “ hexose biosynthetic process 己糖生物合成过程 ” 有两个父节点—— “ hexose metabolic process 己糖代谢过程 ” 和 “ monosaccharide biosynthetic process 单糖生物合成过程 ”。这反映了:生物合成过程是代谢过程的一个子类,己糖是单糖的一个子类。
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