qPCR定量方法在肠道微生物特定种属定量应用

大家都知道肠道中有上千种细菌，肠道微生物可参与人体代谢，促进营养物质的消化吸收，肠道微生态均衡关系到身体健康，肠道微生态失衡可能会导致疾病产生。此外有文献指出肠道微生物可能与人体免疫及炎性反应等有关。目前也越来越多人关注到疾病与肠道微生物的关系，也做了很多研究及实验，一般高通量结果得到的是每个物种在样本中的相对百分含量，而不同微生物的绝对含量其实也对疾病有很重要的影响。在此分享几篇有采用qPCR方法研究疾病与肠道微生物关系的文章。

早在2013年Kim-Anne Lê1、Yan Li等人发表文章Alterations in fecal Lactobacillus and Bifidobacterium species in type 2 diabetic patients in Southern China population，文章中通过qPCR方法检测对比50例T2D患者及30例对照粪便中乳酸杆菌和双歧杆菌种类，主要目的是确定total Lactobacillus, L. aci-dophilus, L. bulgaricus, L. casei, L. rhamnosus, L. plantarum, Total Bifidobacterium, B. longum, B. breve, B. adolescentis, and B. infantis是否存在特定的物种差异。

针对每种细菌设计特异的引物：

定量及统计分析结果：

研究结果表明：T2D患者肠道菌群乳酸菌数量较多而双歧杆菌数量减少。

同年文章Differences in gut microbiota composition between obese and lean children: across-sectional study通过对超重/肥胖儿童及瘦儿童粪便样本平板计数、qPCR定量研究特异菌种Bacteroidetes (Bacteroides-Prevotella-Porphyromonas spp.), Firmicutes (Clostridium coccoides-Eubacterium rectale group, Clostridium leptum group, Staphylococcus spp. Lactobacillus spp.), Bifidobacterium spp，及使用MALDI-TOF MS方法深入分析Bacteroides fragilis group，采用Mann Whitney U检验方法分析超重/肥胖儿童和较瘦儿童菌群浓度差异，随后，进行随机森林分析和多元线性回归分析，以检验肠道细菌种类、饲粮化合物和血液参数之间的相关性。结果表明肥胖儿童结果:肥胖儿童与瘦儿童相比，厚壁菌群与拟杆菌门的比例较高。肥胖儿童菌群中B. vulgatus的相对比例较低，乳酸杆菌的相对比例较高。在所有儿童中，葡萄球菌与能量摄入呈正相关。此外，在肥胖儿童中，乳酸杆菌与血浆hs-CRP呈正相关。此文章证实了肥胖儿童和瘦儿童肠道重要细菌种类的微生物群组成存在显著差异。

2020年Qifeng Gui、Hanyu Li等人发表文章The association between gut butyrate-producing bacteria andnon-small-cell lung cancer，此文研究非小细胞肺癌患者（NSCLC）肠道菌群是否与健康人不同。通过qPCR定量方法检测8中肠道产丁酸菌在健康与NSCLC的差异。

8产丁酸菌定量特异引物：

定量结果：

文章结果：与健康成人相比，非小细胞肺癌患者肠道大部分产丁酸菌明显减少;这些细菌包括Faecalibacterium prausnitzii, Clostridium leptum, Clostridial cluster I, Ruminococcus spp.， Clostridial cluster XIVa和Roseburia spp.在肠道产生丁酸的细菌中， Clostridial cluster IV和直肠真杆菌在NSCLC患者中没有减少。结论:作者认为NSCLC患者存在肠道丁酸生产菌失调。

现在越来越多研究表明肠道微生物与一些疾病存在相关性，微生物的绝对含量以后可能会为疾病诊断及治疗提供新思路、新方法。

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