R读取gmt文件的六种方式

kegg_geneset1 <- qusage::read.gmt("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #返回的是list
kegg_geneset2 <- clusterProfiler::read.gmt("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #返回的是表格
kegg_geneset3 <- GSA::GSA.read.gmt("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #"GSA.genesets", 返回的是list
kegg_geneset4 <- GSEABase::getGmt("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #list中的list, "GeneSetCollection"
kegg_geneset5 <- cogena::gmt2list("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #list
kegg_geneset6 <- mogsa::prepMsigDB("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #list

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