从ArrayExpress数据库下载数据的方法

1、在ArrayExpress Search中输入编号或是关键词，选择符合的Accession，在ftp中进行手动下载，或是在R中用ArrayExpress包下载。

2、使用R包ArrayExpress的queryAE命令下载搜索结果，挑选合适的Accession，在R中使用ArrayExpress包进行下载。

ArrayExpress数据库的数据种类

1、IDF

The IDF contains an overview of the whole experiment, including the title, the submitter’s contact details, publication information, protocols and the experimental variables.

2、SDRF

The SDRF describes all the sample characteristics (e.g. cell type) or any treatment that the sample has been subjected to (e.g. growth in low oxygen conditions), and links each sample to its corresponding data file. The structure of the SDRF, i.e. the order of the columns, reflects the experimental workflow from source material, through intermediate steps (e.g. labelling of nucleic acids, preparation of sequencing libraries, running of sequencing assays) to raw and processed data.

3、ARF

The ADF describes how a microarray was manufactured and what was printed or synthesised on the array. Each position of the array or “probe” is annotated with information like the gene ID or the genomic position for which the probe is specific. This information is crucial for analysis of microarray raw data.

For commercially available microarrays, this file is provided by the array manufacturer and is often already archived in ArrayExpress.

Custom array designs need to be submitted to ArrayExpress before they can be associated with an experiment.

4、 Raw and processed data files

Experiment Page

范例

1 手动搜索并下载

在ArrayExpress搜索”cancer”

点击Accession,进入experiment页面，点击”Click to browse all available files”。

选择需要下载的文件进行下载，解压缩到指定目录。

2 使用bioconductor下载

2.1 使用queryAE命令搜索ArrayExpress数据库并下载搜索结果。

library("ArrayExpress")
sets <- queryAE(keywords = "pneumonia", species = "homo+sapiens")

报错。

上网搜索之后，发现最可能的问题是method="curl"不能执行。上github搜索queryAE，找到了函数的源代码。将其中的query = try(download.file(qr, queryfilename, mode="wb"))改成query = try(download.file(qr, queryfilename, mode="wb", method="auto"))，手动输入代码，创建函数，再次执行命令。

成功

在这里附上queryAE函数的源代码。记得将query = try(download.file(qr, queryfilename, mode="wb"))改成query = try(download.file(qr, queryfilename, mode="wb", method="auto"))。

2.2 下载数据

使用getAE函数下载全部数据，然后经过处理转化为数据对象。

mexp1422 <- getAE("E-MEXP-1422", type = "full")

或者：使用ArrayExpress函数直接下载raw data数据对象。

rawset <- ArrayExpress("E-MEXP-1422")

下载的raw data和processed data需要经过处理才能转化为数据对象。

raw data的处理

rawset= ae2bioc(mageFiles = mexp1422)

processed data的处理

确定要提取的列名。

cn <- getcolproc(mexp1422)
show(cn)

转换本地 processed MAGE-TAB 文件为R对象

proset <- procset(mexp1422, cn[2])

参考：

1、生信菜鸟团-用R语言包从EBI的arrayexpress数据库里面下载芯片数据

2、ArrayExpress: Import and convert ArrayExpress data sets into R object

3、ArrayExpress Reference Manual

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