Linpack测试环境的搭建

Linpack测试方法

一．编译器

　　安装gcc。

二．并行环境MPI的建立（MPI的使用需要用到Python）

1．创建SSH信任连接（在root目录下）

（1）更改/etc/hosts文件

　　#vi /etc/hosts 打开hosts文件，更改如下：

　　127.0.0.1 localhost.localdomain localhost

　　node01的IP scc-m

　　node01的IP node01

　　node02的IP node02

　　node03的IP node03

　　node04的IP node04

　　具体实施：

　　127.0.0.1 localhost.localdomain localhost

　　202.117.49.128 scc-m

　　202.117.49.128 abc abc

　　202.117.49.129 xyz xyz

（2）在node01生成SSH秘钥对

　　#ssh-keygen -t rsa //一路回车即可产生.ssh文件

　　#ls -a 查看是否有.ssh文件夹

（3）进入.ssh目录

　　#cd .ssh

（4）生成authorized_keys文件

　　#cp id_rsa.pub authorized_keys

（5）退出到root目录

　　#cd ..

（6）建立本身的信任连接

　　#ssh node01 按提示输入yes（三个字母要打全）

（7）设置node02（node02的root目录下）

　　#ssh-keygen -t rsa 生成.ssh文件夹 //注意不要多键入空格

　　#scp node01的IP：/root/.ssh/* /root/.ssh 拷贝node01上的.ssh文件夹覆盖本地的

　　#scp node01的IP：/etc/hosts /etc/hosts 拷贝node01上的hosts文件覆盖本地的

　　#ssh node01 提示处输入yes回车

　　设置node03,node04的方法与node02相同

　　具体实施:

　　#scp 202.117.49.128:/root/.ssh/* /root/.ssh //注意不要多键入空格

　　#scp 202.117.49.128:/etc/hosts /etc/hosts

（8）确认四台机器的信任连接已建立

　　对每个节点执行：

　　#ssh node01

　　#ssh node02

　　#ssh node03

　　#ssh node04

　　在提示处输入yes回车，最后确定无需输入密码并且没有任何提示信息即可登陆（"Last login:时间日期"提示信息除外）

2．安装MPICH2(在每个节点root目录下，而且所以节点上的目录一模一样)

（1）解压缩

　　#tar -zxvf mpich2-1.0.7.tar.gz

　　或者 #gunzip -c mpich2-1.0.7.tar.gz|tar xf mpich2-1.0.7.tar

（2）创建安装目录

　　#mkdir /usr/MPICH-instsll

（3）进入mpich2解压目录

　　#cd mpich2-1.0.7

（4）设置安装目录

　　#./configure --prefix=/usr/MPICH-install

（5）编译

　　#make

（6）安装

　　#make install

（7）退出到root目录

　　#cd ..

（8）通过编辑.bashrc文件修改环境变量

　　#vi .bashrc

修改后的.bashrc文件如下：

　　 # .bashrc

　　 # User specific aliases and functions

alias rm='rm -i'

alias cp='cp -i'

alias mv='mv -i'

　　 PATH="$PATH:/usr/MPICH-install/bin" 新增加的

　　 #Source global definitions

if [ -f /etc/bashrc ]; then

. /etc/bashrc

（9）测试环境变量设置

　　#which mpd

　　#which mpicc

#which mpiexec

#which mpirun

（10）修改/etc/mpd.conf文件，内容为secretword=myword

　　#vi /etc/mpd.conf

　　设置文件读取权限和修改时间

　　#touch /etc/mpd.conf

　　#chmod 600 /etc/mpd.conf

（11）创建主机名称集合文件/root/mpd.hosts

　　#vi mpd.hosts

　　文件内容如下：

node01

node02

node03

node04

3．测试

（1）本地测试

　　#mpd & 启动

　　#mpdtrace 观看启动机器

　　#mpdallexit 退出

（2）通过mpd.hosts运行集群系统

　　#mpdboot -n number -f mpd.hosts number为要起动的机器个数

　　#mpdtrace

　　#mpdallexit

（3）测试运行MPICH的例子程序

　　#mpdboot -n 4 -f mpd.hosts 启动4台机器

　　#mpiexec -n number /usr/MPICH-install/examples/cpi number为使用的进程数

　　#mpdallexit

（4）如果测试不能通过，请进行第四步

4．问题解决

（1）通过mpdcheck获得一写帮助信息

　　#mpdcheck –pc

（2）查错

　　#mpdcheck -l

（3）通过mpd.hosts文件查错

　　#mpdcheck -f mpd.hosts 如果无错误

　　#mpdcheck -f mpd.hosts -ssh

（4）如果上述无错误，可略过此步

　　对任意两台机器进行查错

　　m1: #mpdcheck -s 输出主机名host和端口port

　　m2: #mpdcheck -c host port

　　注意：以上四步都是在没有运行mpd的情况下进行的

（5）mpd查错

　　m1: #mpd -e & 返回使用的端口

　　m2: #mpd -h m1 -p echoed_port_m1 &

三．BLAS的安装

1.下载blas.tar和cblas.tar 。需要先安装blas，后安装cblas。

2. blas.tar解压缩后直接make，生成blas_LINUX.a静态库。

3. cblas.tar解压缩后，选择MakeFile.LINUX作为配置文件，另存为或者链接为MakeFile.inc。修改MakeFile.inc中的配置：

BLLIB 和 CBDIR 的路径。

第一个是 blas_LINUX.a 所在的路径。

BLLIB = /*/blas_LINUX.a

第二个是 CBLAS 解压的存放路径。

CBDIR = /*/CBLAS

最后执行make all，在/*/CBLAS/lib/LINUX里面生成cblas_LINUX.a

4. 我们所关注的就是这两个.a库文件的链接路径。

四．HPL的安装、编译与运行

1．从http://www.netlib.org/benchmark/hpl/software.html下载"hpl.tgz";

2．tar -xzvf hpl.tar //创建一个"hpl"目录

3．进入/hpl/setup目录,选择一个合适的make文件“Make.Linux_PII_CBLAS”,并将其拷贝到/hpl目录下

4．修改该文件

　　ARCH = Linux_PII_CBLAS //必须与文件名Make.<arch>中的<arch>一致

　　TOPdir = /usr/local/hpl //指明hpl程序的源文件目录

　　MPdir = /usr/MPICH-install //指明MPI的安装目录

　　LAdir = /*/BLAS //BLAS或VSIPL库所在目录

　　LAlib = /*/CBLAS/lib/LINUX/cblas_LINUX.a /*/BLAS/blas_LINUX.a (注意这两个库链接的先后顺序)

　　CC = /usr/local/mpich2/bin/mpicc

　　CCFLAGS = $(HPL_DEFS) -fomit-frame-pointer -O3 -funroll-loops –lpthread //CC的配置

　　LINKER = /usr/local/mpich2/bin/mpif77

5．编译

　　make arch=Linux_PII_CBLAS

6．运行

（1）修改配置文件/usr/local/hpl/bin/Linux_PII_CBLAS/HPL.dat

　　仅修改了第4行，使之将结果输出至HPL.out

（2）运行

好像必须在/usr/local/hpl/bin/Linux_PII_CBLAS下执行

　　mpirun –np 4 /usr/local/hpl/bin/Linux_PII_CBLAS/xhpl //使用相对路径时居然不行？

（3）查看结果

　　vi HPL.out

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以下是附加的步骤三、四，更新了GotoBlas数学库和hpl2.0来进行LinPack测试

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附加三. GotoBlas的安装

1. 下载gotoBlas.tar.gz。我这里采用的是GotoBLAS-1.26.tar.gz

2. 解压缩，进入目录，根据你的机器是32位还是64位来执行

./quickbuild.32bit

3. 编辑Makefile.rule（我基本没有更改）；更改getarch.c里面的archtecture,使之符合自己的机器

4. 执行 make

5. cd exports 执行make so （我的这一步没用通过，不过貌似不影响后面使用）

6. 生成一堆 .o .so .a文件，后面HPL用到的是libgoto.a和libgoto_penrynp-r1.26.a

附加四：hpl2.0的安装

1. 下载源码，解压缩

2. 进入目录，由于建立一个“Make.Linux_PII_GOTO”的文件，源码中没有这个类型现成的make文件，复制“Make.Linux_PII_CBLAS”中的内容到其中。

3. 主要修改以下几项：

ARCH = Linux_PII_GOTO //必须与文件名Make.<arch>中的<arch>一致

LAdir = /*/GOTOBLAS //GOTOBLAS库所在目录

LAlib = /*/ GOTOBLAS /libgoto_penrynp-r1.26.a /*/ GOTOBLAS /libgoto.a (注意这两个库链接的先后顺序)

4. 编译

make arch=Linux_PII_GOTO

5. 运行

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