SRATOOLKIT for windows
批量下载SRA并且转换为FASTQ格式
安装配置SRATOOLKIT
本文只介绍windows版本的下载安装方法
下载
你可以访问sratoolkit的官方下载地址选择你需要的安装包,贴出github的地址:01. Downloading SRA Toolkit · ncbi/sra-tools Wiki (github.com)
因为github的玄学下载,所以贴出蓝奏云的地址,你可以下载到windows版本的:https://txk.lanzouo.com/iiqxp0kalm3c
将下载完的压缩包解压就可以直接使用,工具是免安装的
进入bin目录,可以看到你所能使用的所有工具:
首先你需要初始化,最好保证软件的路径中没有中文以及特殊符号
初始化:
首先需要在命令行中进入bin目录中,分别输入以下每一行命令
.\prefetch.exe -h .\vdb-config.exe --interactive //你可以看到以下界面
你可以看到一下界面,只需要保持默认配置,然后回车选择保存配置即可
至此,工具的下载安装配置已完成
命令转换
获得下载列表
勾选需要的数据发送至
运行选择器
选择选择器中的文件进行下载
如果在之前就已经勾选,就只需要选择:总中的入藏列表,之前选择的就是可用的|如果未选择,就需要在此处勾选,然后打开选择器,然后就可用在此页面筛选,选择入藏列表,会得到一个以SRR开头的序列列表如下
进行批量下载
将下载完成的txt文件批量下载: .\prefetch.exe --option-file sra_List.txt -O Catalogue(输出文件夹)
将sra转换为fastq:.\fastq-dump.exe -I --split-files <sra所处在的目录> -O Catalogue(输出文件夹)
将sra转换为fastq:.\fasterq-dump.exe --split-3 <sra所处在的目录> -O Catalogue(输出文件夹)
可以在其bin目录下可以看到生成了以当前SRR项目号为名的文件夹,内含转换成功的fastq文件
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