BLAST(基本局部比对工具)
nucletide blast | blastn | 短序列标准搜索 |
megablast | 相似序列(单物种)之间比对 | |
discontiguous megablast | 跨物种序列比对 | |
protein blast | blasp | 标准搜索 |
psi-blast | 使用blastp搜索结果构建位置特异性得分矩阵(PSSM) | |
phi-blast | 发现具有相同表达模型且相似的蛋白质序列 | |
blastx | 核酸序列转换成蛋白质序列搜索 | |
tblastn | 蛋白质序列转换成核酸序列搜索 | |
tblastx | 核酸序列转换成蛋白质序列,在将核酸数据库转换成的蛋白质数据库中搜索 |
对GenBank中人类VANGL2基因的mRNA进行比对搜索。
输入:
RefSeq检索号NM_020335
Job Title:任务名称
Database:核酸数据库检索
Optimize for:程序选择,简单的blastn即可
Expect threshold:期望值,越小越严格
等待:
结果:
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