论文中的MS流程01
参考文献
Ali Mohammad M, Poulose Santo K, Dew SK, Stepanova M. Journal of Vacuum Science & Technology B, Nanotechnology and Microelectronics: Materials, Processing, Measurement, and Phenomena 2012;30(6):06FF11.
文章背景
电子束光刻（EBL）期间对聚甲基丙烯酸甲酯（PMMA）的曝光会产生小的聚合物碎片，这些碎片会在显影过程中迅速溶解。文章研究了短的PMMA链（最多包含10个MMA单元）与常见的显影剂组分甲基异丁基酮（MIBK）和异丙醇（IPA）的相互作用。
MS流程的相关描述
1. 模型建立
无定形聚合物盒子基本上都是AC模块建立的，但是在有些论文中可能不会直接提及AC模块，但会提到Monte Carlo method：
我查了一下MS的tourial，其实AC模块进行聚合物填充的时候是遵循Monte Carlo方法的：
2. 能量最小化
这篇文章用的是conjugate gradient method。
在MS中主要就是这几个算法。Steepest descent和Conjugater gradient搭配还是可以的，学习的过程中留意相关描述，我见过的Conjugate gradient的相关描述还比较多，也有论文全都来一遍的。。。
3. 动力学部分
作者主要在DISCOVERY完成了NPT, NVT, NVE系统的弛豫，分别用Andersen thermostat和Berendsen barostat进行控温和控压。
the Andersen thermostat (collision ratio 1) was used for the temperature control and the Berendsen barostat (decay factor 0.08–0.09 ps) was used for the pressure control.
the Andersen thermostat and Berendsen barostat were found to be the most accurate in maintaining the temperature and pressure within desired limits.
#用NPT进行控制系统的密度
An isothermal–isobaric (NPT) ensemble dynamics simulation is conducted to determine the system density.
#用NVT控制势能
The equilibrated system is subjected to a canonical (NVT) ensemble dynamics simulation to obtain the potential energies.
#在NVE系综下进行数据采集
The binary mixtures are also subjected to a microcanonical (NVE) ensemble dynamics simulation— the result of which is analyzed to obtain the fragment diffusivities and radii of gyration.
4. 后处理
在FORCITE模块完成了fragment mean squared displacement（MSD），gyration radii的分析。在MATLAB中完成F-H混合自由能的计算
虽然有些论文和我研究方向没啥关系，但是软件操作，力场选择，模拟流程等等都是可以参考的。
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