生信初学者必知的镜像设置

文章目录

Ubuntu镜像
conda镜像
R语言镜像
Python镜像
Julia镜像

国内网络问题很烂，大家都知道，github、pubmed这些网站经常访问不了！

如果你平常会用到Ubuntu、conda、R语言、Python、Julia， 那你肯定为安转各种包、库、软件而烦恼过！

由于众所周知的原因，这些东西我们的网络访问不了，所以导致你安装库、包、软件时总是失败、下载不完整。

但其实，这些东西都是有镜像的！

只要你换了国内的镜像，下载就会嗖嗖的变快，再也不愁网络问题了！

今天给大家介绍常见的镜像，初学R语言或者生信，这些东西必须得学会！

Ubuntu镜像

主要是更改apt的镜像，让你安装软件更快。

大家可以去清华大学开源镜像站，查看使用方法及镜像源，apt镜像网址也给大家

conda镜像

更改conda镜像也是为了让你下载软件变快，不在出现不能下载、下载不完全的问题。推荐大家使用北外的镜像站，清华大学的conda镜像站总是出问题。北外conda镜像站网址。

conda软件安装包也可以在这里下载哦：

R语言镜像

在R语言里面需要更改2个镜像，才能顺利下载安装R包，cran的镜像可以通过Rstudio点点点实现更换，bioconductor镜像需要自己设置。

每次在安装bioconductor前，先运行下面这句代码，实现更换镜像：

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

，如果你不想每次都更改，可以把这句代码放在你的.Rprofile文件中，这样每次你打开R，它会自动悄悄的执行！

Python镜像

主要是pip的镜像，也是为了让你安装python库的时候快一点，稳一点！

pip我推荐大家使用阿里云的镜像。

# 临时使用：
pip install -i https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ 包名# 永久使用：
pip config set global.index-url https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/# 查看设置结果：
pip config list# 取消设置：
pip config unset global.index-url

Julia镜像

Julia，简称朱丽叶，朱丽叶在v1.0以前，非常难用，那个时候还没有中国镜像站，非常难以下载！

不过现在有中国镜像站了，社区也丰富起来了，喜欢的小伙伴可以入手了。

首先是朱丽叶这个软件的下载，有中国镜像，不用去官网（你可能打不开官网