新算法可对细胞间交流进行建模

近日，比利时弗朗德生物技术研究院Yvan Saeys及其研究团队开发了一个名为NicheNet的算法，其能够通过连接配体和目标基因来对细胞间通讯进行建模。2019年12月9日，《自然—方法学》在线发表了这项成果。

研究人员表示，目前缺乏能够对细胞相互作用如何影响细胞基因表达进行建模的计算方法。

研究人员报道了NicheNet（https://github.com/saeyslab/nichenetr），一种通过将相互作用细胞的表达数据与信号和基因调控网络的先验知识相结合来预测相互作用细胞之间的配体-靶标联系的方法。研究人员将NicheNet应用于肿瘤和免疫细胞微环境数据，并证明NicheNet可以推断出活性配体及其对相互作用细胞的基因调控作用。

附：英文原文

Title: NicheNet: modeling intercellular communication by linking ligands to target genes

Author: Robin Browaeys, Wouter Saelens, Yvan Saeys

Issue&Volume: 2019-12-09

Abstract: Computational methods that model how gene expression of a cell is influenced by interacting cells are lacking. We present NicheNet (https://github.com/saeyslab/nichenetr), a method that predicts ligand–target links between interacting cells by combining their expression data with prior knowledge on signaling and gene regulatory networks. We applied NicheNet to tumor and immune cell microenvironment data and demonstrate that NicheNet can infer active ligands and their gene regulatory effects on interacting cells.

DOI: 10.1038/s41592-019-0667-5

Source: https://www.nature.com/articles/s41592-019-0667-5

期刊信息
Nature Methods：《自然—方法学》，创刊于2004年。隶属于施普林格·自然出版集团，最新IF：28.467
官方网址：https://www.nature.com/nmeth/
投稿链接：https://mts-nmeth.nature.com/cgi-bin/main.plex

新算法可对细胞间交流进行建模相关推荐

不相关子查询的工作方式是_课题组工作|Nucleic Acids Research|基于表达密度谱的特征子空间分离及相关单细胞转录组分群新算法...
大家好!为大家分享本课题组近期发表在Nucleic Acids Research的文章,题目为 "Entropy subspace separation-based clustering f ...
如何发明新算法（一）
如何发明新算法(一) 算法一直是计算机科学的核心,算法改变世界,算法创造未来!这篇文章我主要从复杂化.简单化两个方面谈谈怎么样发明一个新的算法.新算法在时间复杂度,空间复杂度,预测精度等方面并不一定是 ...
腾讯天衍实验室夺世界机器人大赛双冠军，新算法突破脑机接口瓶颈
日前,"2020世界机器人大赛-BCI脑控机器人大赛"公布成绩,腾讯天衍实验室和天津大学高忠科教授团队组成的C2Mind战队,经过多轮赛程的激烈比拼,实力入围BCI脑控机器人大赛& ...
新算法可模拟人脑整体神经电路
来源:科学网作者:陈超 3月28日,日本理化学研究所日前宣布,他们的一个国际联合研究小组成功开发出模拟人脑整体神经电路的算法,可在下一代超级计算机上应用.新算法不仅节省内存,也能大幅提高现有超级计 ...
如果让AI根据文字画「抽象画」，那得成什么样？｜DeepMind新算法
丰色发自凹非寺量子位报道 | 公众号 QbitAI 根据文字生成图片,AI早就会了. 而如今,和以往的"写实派"不同,AI要开始进军"抽象派"艺术了! ...
深度学习新算法，完成字里行间的情绪识别
深度学习新算法,完成字里行间的情绪识别发表于2013-10-12 11:41| 40891次阅读| 来源Wired| 68 条评论| 作者Daniela Hernandez 深度学习人工智能机器学习 ...
一类新算法研究智能飞行器航迹规划问题
一类新算法研究智能飞行器航迹规划问题人工智能技术与咨询 2022-03-11 18:29 来源:< 应用数学进展> ,作者傅维晨等关键词: 航迹规划:多约束:改进的A*算法:时空复杂度 ...
视频：PNAS报道纤维化扩展中“旁张力信号”介导的细胞间机械通讯
2020年5月2日,PNAS(美国国家科学院院刊)在线发表了华大学医学院生物医学工程系和清华-北大生命联合中心杜亚楠教授研究组题为"Matrix-transmitted paratensil ...
大数据新算法在个人信用风险评估模型中使用效果的评估
风控系统资料 https://www.jianshu.com/p/db2aece905a7 基于大数据和机器学习的Web异常参数检测系统Demo实现 https://www.freebuf.com/a ...

新算法可对细胞间交流进行建模

新算法可对细胞间交流进行建模相关推荐

最新文章

热门文章