LAMMPS安装与使用
目录
- 安装
- windows安装
- linux安装(centos7)
- 利用命令行安装
- 使用
- 运行格式
- 运行示例
安装
windows安装
安装分为三步:
- 下载安装包,lammps,lammps-mpi,mpich2,这里的安装包是64位的,32位对应的包去上面提到的网站去下载对应的包。lammps的包可以选择较新的版本来安装。
- 双击安装,注意第三个包是为lammps运行提供一些基本文件的,假如第三个不安装会提示dll文件缺失,从而无法运行。
- 检查运行,在shell命令行中运行lmp_mpi,假如没有报错就表明没有问题。
linux安装(centos7)
linux下暂时未使用
利用命令行安装
- 安装库
首先安装对应的库,这样就可以利用yum对稳定发布的包进行安装
yum -y install https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/epel-release-latest-7.noarch.rpm - 安装包
yum -y install lammps-openmpi
使用
运行格式
软件的操作使用命令行来具体执行。 命令+参数(基本参数为 -in,这个参数可以利用<来取代)为基本的格式,in参数里给的文件是运行命令的基本参数,里面对运行模拟的环境,力场等参数进行了详细的规定。想要具体尝试一下可以利用安装目录下的example文件中提供的in文件。
运行示例
E:\Program\project\LAMMPS\test_run_program>lmp_mpi < calc_fcc.in
LAMMPS (24 Jan 2020)
OMP_NUM_THREADS environment is not set. Defaulting to 1 thread. (../comm.cpp:94)using 1 OpenMP thread(s) per MPI task
OMP_NUM_THREADS environment is not set. Defaulting to 1 thread. (../comm.cpp:94)using 1 OpenMP thread(s) per MPI task
Lattice spacing in x,y,z = 4 4 4
Created orthogonal box = (0 0 0) to (4 4 4)1 by 1 by 1 MPI processor grid
Lattice spacing in x,y,z = 4 4 4
Created 4 atomscreate_atoms CPU = 0.000262619 secs
Replicating atoms ...orthogonal box = (0 0 0) to (4 4 4)1 by 1 by 1 MPI processor grid4 atomsreplicate CPU = 0.0034794 secs
WARNING: Using 'neigh_modify every 1 delay 0 check yes' setting during minimization (../min.cpp:178)
Neighbor list info ...update every 1 steps, delay 0 steps, check yesmax neighbors/atom: 2000, page size: 100000master list distance cutoff = 8.28721ghost atom cutoff = 8.28721binsize = 4.1436, bins = 1 1 11 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 0 0(1) pair eam/alloy, perpetualattributes: half, newton onpair build: half/bin/atomonly/newtonstencil: half/bin/3d/newtonbin: standard
Setting up cg style minimization ...Unit style : metalCurrent step : 0
WARNING: Energy due to 1 extra global DOFs will be included in minimizer energies
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 4.495 | 4.495 | 4.495 Mbytes
Step PotEng Lx Ly Lz Press Pxx Pyy Pzz c_eatoms0 -13.417787 4 4 4 29590.11 29590.11 29590.11 29590.11 -13.41778710 -13.439104 4.04 4.04 4.04 5853.9553 5853.9553 5853.9553 5853.9553 -13.43910420 -13.44 4.0500047 4.0500047 4.0500047 2.1131131e-10 2.2023682e-10 2.142121e-10 1.9948502e-10 -13.4429 -13.44 4.0500047 4.0500047 4.0500047 4.7215918e-10 4.8063841e-10 4.5787837e-10 4.7796075e-10 -13.44
Loop time of 0.0152524 on 1 procs for 29 steps with 4 atoms0.0% CPU use with 1 MPI tasks x 1 OpenMP threadsMinimization stats:Stopping criterion = energy toleranceEnergy initial, next-to-last, final =-13.4177872966 -13.4399999527 -13.4399999527Force two-norm initial, final = 3.54599 5.81382e-14Force max component initial, final = 3.54599 5.80057e-14Final line search alpha, max atom move = 1 5.80057e-14Iterations, force evaluations = 29 46MPI task timing breakdown:
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
---------------------------------------------------------------
Pair | 0.00060776 | 0.00060776 | 0.00060776 | 0.0 | 3.98
Neigh | 0 | 0 | 0 | 0.0 | 0.00
Comm | 0.00013824 | 0.00013824 | 0.00013824 | 0.0 | 0.91
Output | 0.009788 | 0.009788 | 0.009788 | 0.0 | 64.17
Modify | 0 | 0 | 0 | 0.0 | 0.00
Other | | 0.004718 | | | 30.94Nlocal: 4 ave 4 max 4 min
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Nghost: 662 ave 662 max 662 min
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Neighs: 280 ave 280 max 280 min
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0Total # of neighbors = 280
Ave neighs/atom = 70
Neighbor list builds = 0
Dangerous builds = 0
Total energy (eV) = -13.4399999527352;
Number of atoms = 4;
Lattice constant (Angstoms) = 4.05000466178543;
Cohesive energy (eV) = -3.3599999881838;
All done!
Total wall time: 0:00:00
LAMMPS安装与使用相关推荐
- Lammps安装教程 windows版
1.首先下载Lammps和MPICH的安装包 安装.NET Framework 3.5 (控制面板->程序->启用或关闭Window功能) 管理员用户设置密码 2.安装MPICH 以管理员 ...
- #LAMMPS安装 (嵌入NEP势函数接口)
#LAMMPS安装 (嵌入NEP势函数) 1.准备安装文件 mkdir lammps #新建lammps文件夹 cd lammps/ #进入lammps/ wget http://www.fftw.o ...
- mpi由于目标计算机积极拒绝,windows系统lammps安装MPICH2的问题
20170610补充: 补充上次补充内容的文字说明: MPICH2的安装一半没问题.最常遇到的问题是不清楚注册时候到底使用哪个用户名或者计算机名.在确保安装成功的前提下,运行命令: mpiexec - ...
- linux编译lammps (intel mpi) + Voronoi + Colvars package的安装
2021-12-23 By Junwu Chen at IPE, Beijing 随着时间的变更,lammps版本提升.编译器更新等原因,本教程可能不会完全适用 1. 下载lammps最新稳定版源码包 ...
- lammps构建高熵合金模型+结构优化初步筛选能量最小的结构
文章目录 前言 一.ubuntu并行安装Lammps 安装教程 二.单个高熵合金建模 参考资料 操作步骤 三.构建1000个高熵合金模型筛选能量最小的结构 参考资料 操作步骤 1.构建高熵合金模型 2 ...
- 从源码编译安装 TensorFlow C++ 库和 DeepMD-kit
DeepMD 简介 DeePMD-kit 是一个用 Python/C++ 编写的软件包,旨在最大限度地减少构建基于深度学习的原子间势能和力场模型以及执行分子动力学 (MD) 所需的工作.这为解决分子模 ...
- lammps剪切模拟关键技术讲解
大家好,我是小马老师. 本文讲解lammps模拟剪切过程的关键技术,以供初学者参考. 在lammps自带剪切案例代码,只不过案例是二维模型,本文以此案例为基础,改为三维模型,为使结构更加清晰,对部分代 ...
- lammps linux运行命令,[转载]linux下 lammps的安装以及计算初步使用
好久没有用linux了,都忘记的差不多了,计算材料课设需要用此平台计算,又开始学习一下 第一步:安装g++编译器 sudo apt-get install build-essential 第二步:将l ...
- wsl2下安装lammps
1 版本 windows 11, ubuntu 20.04, wsl2, 3080, r5900x 2 安装cuda 参考CUDA on WSL User Guide (nvidia.com) 在wi ...
最新文章
- 【莫队算法】bzoj3781 小B的询问
- Redis环境配置(核心配置选项)
- jmeter设置代理录制请求
- go在方法中修改结构体的值_golang修改结构体中的切片值方法
- shm_overview(7)
- 牛客网数据库SQL实战答案解析下篇
- 2.c++模式设计-工厂模式
- SpringBoot注册组件之@Import@ImportResource@ComponentScan
- 机器学习中的距离/散度/熵
- one loop per thread
- 学习杂谈:费曼学习法和show me the code
- 个人简历怎么写怎么做(还有怎么培养无私奉献的精神--模板)
- Linux内核研究系列之可执行文件格式(转)
- 航芯技术分享 | 一文读懂汽车CAN总线技术原理(下)
- 女生叫你哥和大哥区别_大哥正望着你
- vue中wath的源码实现
- css 实现随风摆动
- jQuery的jsTree入门使用
- 分层结构的生活例子_层次分析法经典案例
- 使用css制作跳动的心