全基因组关联分析（GWAS）软件：emmax

emmax 的优点是操作简单，运行速度非常快，几百万的SNP也可以半小时内跑完。

1. 基因型格式

# 转换成合适的格式
nohup plink --vcf snp.vcf.gz --recode 12 --output-missing-genotype 0 --transpose --out snp --allow-extra-chr &

注意:

emmax 接受plink的长格式。
基因型需要先 imputation，不能有缺失，且只识别双等位位点。
snp ID （tped 文件第二列，不能为空或".")。
染色体只能用数字表示。

2. 表型格式

$ cat test.pheno
1 1 10.56
2 2 13.35
3 3 23.12
4 4 11.45
...

每一个表型数据单独一个文件，第一列为 FAMID, 第二列为 INDID,，第三列为表型数据。缺失数据用“NA”表示。

3. 计算BN亲缘关系矩阵

nohup emmax-kin -v -h -d 10 snp &

4. 运行emmax

genotype=snp
kinship=snp.hBN.kinf
while read id
do
nohup emmax -v -d 10 -t $genotype -p $id -k $kinship -o ${id%%.*} &
done <$1

-t：基因型文件前缀
-k：关系矩阵
-p：表型文件
-o：输出文件前缀

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