生信分析之数据处理(一)bcl2fastq
收到zip过的bcl2fastq rpm安装包,首先unzip安装包,再用rpm -iv example.rpm完成安装即可。看到其他教程需要配置环境,目前未做任何配置,可直接bcl2fasq -v启动程序。需要注意的是rpm包需要管理员权限安装。
bclData数据rar解压缩 rar x data.rar /pwd/dir 后,执行以下命令即可完成bcl to fastq
bcl2fastq -R /pwd/bcldata -o /pwd/fastqdata -r 64 -p 64 -w 64 --no-bgzf-compression --no-lane-splitting --sample-sheet /pwd/SampleSheet.csv
发现可以用conda安装
conda install -c dranew bcl2fastq
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