R语言acres92 region_R语言作Circos图之进阶篇：圈圈套圈圈的法门

如果把一组数据表组成一个列表(list)，panel.fun则迭代用于各个数据表。再随机生成一个list来观察它的结构：

bedlist = list(

bed01=generateRandomBed(nc=1,nr=200), bed02=generateRandomBed(nc=1,nr=200)

)

这里用nc和nr控制一下列和行的数量，不要像上面那样1万多行做出个密恐图。nc是指除了前三列之外的数值型列数；但nr就比较随缘，最后生成的行数可能并不是我们设的200，对此，circlize包的作者也只是提醒，并没有解释。就这样吧，反正除了做练习，应该也不大会用到随机生成数据的方法。

就这样，bed01和bed02是互有联系的两个数据框，它们的第1列也有相同的内容。还可以观察到两个表每行的起止点并不一样，这是因为起止点不是对第1列负责，而是对应后面的数值。然后再生成点图：

circos.genomicTrackPlotRegion(

bedlist,track.height=0.1,ylim = c(-1,1),

panel.fun = function(region, value, ...) {

i = getI(...)

circos.genomicPoints(

region, value,pch = 16, cex = 0.1,col = i, ...)

})

这段代码里，panel.fun的{}中，比单一数据表那里多了一个i=getI(...)，circos.genomicPoints里也相应地多了一个col = i，这俩是什么意思呢？任性的Help是这么说的：

所以就是“憋说话，加我”的意思嘛╮(╯▽╰)╭

其实也可以理解为，一个list中有多个数据表，getI可以用来找到当前所用的表格中对应的数值型列。去掉这个不明觉厉的getI和col = i，生成下图中最里面那圈，图里就少了一组数据了。

如果表里有多个数值列，就可以用numeric.column来控制想要输出哪一列，像这段代码：

circos.genomicTrackPlotRegion(

bedlist,track.height=0.1,ylim = c(-1,1),

numeric.column = c(4, 5),

panel.fun = function(region, value, ...) {

circos.genomicPoints(region, value,pch = 16, cex = 0.1, ...)

})

就比上面多了一个numeric.column = c(4, 5)，是指第一个表中的第4列和第二个表中的第5列。也就是说，每生成一个圈，都只能用到各个表中的1个列。

本例的低级函数只用了circos.genomicPoints()，但其他的circos.genomicLines()、circos.genomicRect()都大同小异，大家可以自行探索。还是多多练习circos.genomicTrackPlotRegion和panel.fun的用法吧。

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