Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用
天然蛋白质具有临界稳定性的特征，然而临界稳定性使得蛋白质遭受胁迫压力后极易发生错误折叠并失去功能。体内蛋白质在错误折叠后产生的聚集沉淀被认为是多种疾病发生发展的原因。因此，优化蛋白质的稳定性是科学研究与工程应用领域亟待解决的关键问题。Rosetta是一种生物物理建模工具，根据蛋白质的氨基酸序列有效预测蛋白质的结构，在此基础上可以从头设计各种类型的全新蛋白质。基于 Rosetta 系列算法的蛋白设计在过去十年中在创新蛋白药物、抗体、疫苗、新型合成生物学元件及纳米药物等生物大分子研究领域中被广泛使用。
详情链接：计算机辅助药物设计、rosetta 蛋白抗体设计、机器学习集成多组学系列专题2023
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第一天 |
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时间 |
课时内容 |
主要知识点 |
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AM 9:00~9:50 |
教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。
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AM 10:00~10:50 |
三. 蛋白质结构viewer 、Linux和Python基础 教学目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。
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AM 11:00~12:00 |
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PM 14:00~14:50 |
五．序列设计 PackRotamer和FastDesign 教学目标：了解Rosetta封装好的应用（以relax为例）和RosettaScript编写应用（以pack/min/pack为例）。
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1.1 Movemap 2. RosettaScript组 成和要素 2.1 Filter ResidueSelector TaskOperation 2.2 DSSP/Disulfidize Mover |
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PM 15:00~15:50 |
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PM 16:00~17:00 |
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第二天 |
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时间 |
课时内容 |
主要知识点 |
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AM 9:00~9:50 |
六. 蛋白-蛋白对接基础 教学目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。
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AM 10:00~10:50 |
七. 抗体设计 教学目标：熟悉抗体模型预处理流程, 掌握RAbD常用命令
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案例实践：
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AM 11:00~12:00 |
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PM 14:00~14:50 |
八. CartisenDDG 突变扫描
九. RosettaScript应用 教学目标：熟悉RosettaScript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。
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案例实践：
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PM 15:00~15:50 |
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AM 16:00~17:00 |
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PM 15:00~15:50 |
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PM 16:00~17:0 |
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