玩转肺癌目标检测数据集Lung-PET-CT-Dx —

文章目录

数据集介绍
如何从TCIA下载数据集
- 下载数据集的一部分

数据集介绍

Lung-PET-CT-Dx是一个公开肺癌目标检测数据集，该公共数据集源自 The Cancer Imaging Archive（TCIA）。TCIA是肿瘤研究方面的著名的医学影像公开数据库。大部分数据以 DICOM 格式存储，所有数据都经过去隐私处理。

该数据集由肺癌受试者的 CT 和 PET-CT DICOM 图像组成，带有 XML 注释文件（xml文件中用边界框标识了肿瘤位置和分类）。这些PET/CT影像是从肺癌患者中回顾性获得的，患者均经肺活检确诊。根据组织病理学诊断对受试者进行分组，分为4类，“A”诊断为腺癌，“B”为小细胞癌，“E”为大细胞癌，“G”为鳞状细胞癌。

数据集中共有355例次的影像记录，记录了患者的CT或PET-CT的影像资料，CT图像的分辨率是512×512。

下面两张图是下载好的数据集的CT图像部分。其主要是胸部PET-CT的图像，包括了灰度的CT图像和带代谢摄取增高显像的CT图像。

如何从TCIA下载数据集

（该小节可能需要特殊方式访问目标网站）

Lung-PET-CT-Dx数据集源自TCIA。TCIA是肿瘤研究方向的医学影像公开数据库。
我们可以在官网的 Access The Data → Browse Data Collection 浏览所有数据集。

我们可以在Filter table处，输入“lung”等关键词筛选我们需要的数据集。

我们输入Lung-PET-CT-Dx进入我们的目标数据集页面。
找到下面的Data Access界面。

Images 为我们需要下载的影像资料。
Annotation Files是目标检测的标注数据（即XML注释文件，标注了肿瘤位置和分类）。
Clinical Data是患者相关的临床资料。
下面两个可以直接下载。

第一个Image，我们点击Download，会发现下载了一个tcia文件（Lung-PET-CT-Dx-NBIA-Manifest-122220.tcia）。
这是一个下载列表文件，需要使用网站提供的 NBIA Data Retriever 软件进行下载。

单击下面的NBIA Data Retriever，在新页面中选择 Downloading the NBIA Data Retriever，如果你是Windows系统，点击 Windows即可下载安装文件。

下载后打开安装文件完成安装。
安装完后直接打开软件会提示需要tcia文件。

我们把前面下载的 Lung-PET-CT-Dx-NBIA-Manifest-122220.tcia 文件直接和 NBIA Data Retriever 的快捷方式放在一起。

然后打开 tcia文件即可，单击Agree，即可看到下载页面了。
单击 Start，开始下载数据集（准备好半天的时间下载）。

下载数据集的一部分

如果觉得数据集太大了，我只想要其中的一小部分该怎么做呢？
我们回到数据集页面，在刚才的 Images 处单击 Search 按钮。

我们可以在这里逐条浏览数据集中的各条数据，甚至可以浏览每一张的CT图片。
对于我们想要的条目，可以单击购物车 Cart 按钮。

挑完后，单击Cart进入购物车页面，单击Download即可下载对应的 tcia文件。
我们把这个文件和 NBIA Data Retriever 的快捷方式放在一起，即可打开下载我们想要的数据了。